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Analizzerò dati metagenomici shotgun
Analisi statistica e bioinformatica per biologi
Sono un biologo e ricercatore specializzato in analisi statistica, bioinformatica, microbiologia e ecologia microbica. Lavoro con R, DADA2, QIIME2, Phyloseq e QGIS per analizzare dati biologici e ambi...
Informazioni su questo servizio
Hai bisogno di aiuto per analizzare dati metagenomici shotgun? Posso aiutarti a processare, assemblare, analizzare, visualizzare e interpretare i tuoi dataset metagenomici.
Ho esperienza pratica nell'analisi di metagenomi shotgun usando workflow di bioinformatica consolidati, tra cui MEGAHIT, metaSPAdes, SqueezeMeta e R.
Posso aiutarti con:
Controllo qualità e preprocessing
Assemblaggio del metagenoma
Profilazione tassonomica e composizione della comunità
Profilazione funzionale e annotazione
Analisi di abbondanza e confronto
Analisi statistica e abbondanza differenziale
Visualizzazioni di qualità pubblicabile
Interpretazione biologica
Workflow di analisi riproducibili
Seleziono il workflow in base alla tua domanda di ricerca, ai dati di sequenziamento, al disegno sperimentale e ai metadati.
Contattami prima di ordinare se non sei sicuro di quale pacchetto o workflow sia più adatto al tuo dataset.
FAQ
Traduzione automatica.
Che tipi di dati metagenomici puoi analizzare?
Posso lavorare con dataset metagenomici shotgun per analisi tassonomiche, funzionali, di abbondanza, statistiche e comparative. Contattami prima di ordinare così posso rivedere il tuo dataset e gli obiettivi.
Puoi analizzare i file FASTQ raw?
Sì. A seconda del pacchetto, posso lavorare con file FASTQ grezzi e eseguire valutazioni di qualità, preprocessing, assemblaggio e analisi metagenomica downstream.
Puoi assemblare il mio metagenoma?
Sì. Posso eseguire l'assemblaggio del metagenoma usando MEGAHIT o metaSPAdes, a seconda delle caratteristiche del dataset e degli obiettivi dell'analisi.
Usi SqueezeMeta?
Sì. SqueezeMeta è uno dei workflow che utilizzo per l'analisi metagenomica integrata. Posso anche usare MEGAHIT o metaSPAdes per l'assemblaggio e strumenti complementari quando necessario.
Puoi eseguire profilazione funzionale o annotazione?
Sì. La profilazione funzionale e l'annotazione possono essere incluse a seconda del dataset, della domanda di ricerca e del pacchetto scelto. Il workflow e gli strumenti specifici saranno determinati in base alle esigenze del progetto.
Puoi analizzare l'abbondanza differenziale?
Sì, quando il disegno sperimentale, i metadati, la dimensione del campione e la struttura dei dati supportano un'analisi di abbondanza differenziale appropriata.
Puoi creare figure di qualità pubblicazione?
Sì. A seconda del pacchetto, posso creare figure di qualità pubblicabile per la composizione tassonomica, l'abbondanza, i profili funzionali, i confronti statistici e altri risultati metagenomici appropriati.
Puoi aiutarmi a scegliere il workflow metagenomico più adatto?
Sì. Posso rivedere la tua domanda di ricerca, le informazioni di sequenziamento, i metadati, il disegno dello studio e i dati disponibili e raccomandare un workflow di analisi appropriato.
