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Eseguirò analisi bioinformatica dei dati del microbioma
Analisi statistica e bioinformatica per biologi
Sono un biologo e ricercatore specializzato in analisi statistica, bioinformatica, microbiologia e ecologia microbica. Lavoro con R, DADA2, QIIME2, Phyloseq e QGIS per analizzare dati biologici e ambi...
Informazioni su questo servizio
Hai bisogno di aiuto nell'analizzare dati di microbioma o ampliconi microbici? Posso aiutarti a processare, analizzare e interpretare i tuoi dati usando QIIME2, DADA2, Phyloseq e R.
Posso lavorare con dataset di 16S rRNA e altri ampliconi microbici e fornire:
- Elaborazione dati e valutazione della qualità con QIIME2/DADA2
- Analisi della composizione tassonomica e diversità
- Diversità alfa e beta
- Analisi di ordination e struttura della comunità
- Analisi statistica e visualizzazioni
- Analisi di abbondanza differenziale quando appropriato
- Figure di qualità pubblicazione e interpretazione chiara
Riceverai: risultati processati, output statistici, figure chiare, interpretazione dei risultati e workflow riproducibili se inclusi nel pacchetto.
Mi concentro sulla scelta dei metodi più adatti in base alla tua domanda di ricerca, al disegno sperimentale e alla struttura dei dati.
Contattami prima di ordinare se non sei sicuro di quale pacchetto sia adatto al tuo dataset o se hai bisogno di un workflow bioinformatico specifico.
FAQ
Traduzione automatica.
Quali tipi di dati del microbioma puoi analizzare?
Posso analizzare dataset di ampliconi microbici come dati di 16S rRNA e altri dataset compatibili usando QIIME2, DADA2, Phyloseq e R. Contattami prima di ordinare se hai un tipo di dato diverso.
Puoi analizzare i file FASTQ raw?
Sì. A seconda del pacchetto, posso lavorare con file FASTQ grezzi e eseguire valutazione della qualità e processamento usando QIIME2 o DADA2. Fornisci informazioni sulla piattaforma di sequenziamento, primer e disegno sperimentale.
Puoi analizzare i miei dati del microbioma se non so quale metodo usare?
Sì. Posso rivedere la tua domanda di ricerca, il disegno sperimentale, i metadati e la struttura dei dati e raccomandare un workflow di analisi appropriato.
Riceverò il codice dell'analisi?
Il codice riproducibile può essere incluso a seconda del pacchetto. Posso fornire script R e workflow di analisi pertinenti quando applicabile.
Puoi creare figure di qualità pubblicazione?
Sì. A seconda del pacchetto, posso creare figure chiare e pronte per la pubblicazione per diversità, tassonomia, ordination, struttura della comunità e altre analisi appropriate.
Puoi analizzare l'abbondanza differenziale?
Sì, quando il disegno sperimentale e i dati lo supportano. Il metodo più adatto dipende dal disegno dello studio, dal numero di campioni, dai metadati e dalla domanda di ricerca.
