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Faro analisi bioinformatica rnaseq e chiamata di varianti
Specialista in Bioinformatica e Analisi dei Dati, Python, BLAST, ML
Sono uno studente di Bioinformatica alla NUST Islamabad con esperienza pratica in analisi di sequenze, strutture proteiche, filogenetica e processamento di dati con Python. Aiuto ricercatori, studenti...
Informazioni su questo servizio
Hai dati di sequenziamento e nessun tempo per costruire la pipeline da solo? Prenderò i tuoi reads grezzi e li trasformerò in risultati puliti e interpretabili che il tuo PI o collaboratori possono effettivamente usare.
Sono uno studente di Bioinformatica alla NUST Islamabad con esperienza pratica in pipeline di sequenziamento a lunga lettura (PacBio HiFi), chiamata di varianti con GATK e Clair3, benchmarking contro set di verità GIAB, e analisi di dati genomici usando Python e bash. Ho lavorato in un laboratorio di ricerca sulla genomica del cancro e capisco cosa significa un output di qualità pubblicabile.
Cosa posso fare per te:
Chiamata di varianti con allineamento WGS usando minimap2/BWA, rilevamento di varianti con GATK HaplotypeCaller o Clair3, filtraggio e annotazione VCF, benchmarking con hap.py
RNA-seq differenziale di espressione con matrice di conteggio DESeq2 o edgeR, grafici volcano, heatmap, arricchimento di pathway
Metagenomica / pipeline QIIME2 per amplicon 16S, diversità alpha/beta, grafici PCoA, diagrammi a barre tassonomici
Visualizzazione genomica con screenshot IGV, grafici di copertura, figure pronte per pubblicazione a 300 DPI
Cosa mi invii: FASTQ, BAM, VCF, matrici di conteggio, o numero di accesso GEO / SRA. Gestisco dati Illumina, PacBio e Nanopore.
Cosa ricevi indietro: File di output puliti, riproducibili
Dominio:
Altro
Expertise:
Classificazione
•
clustering
•
Analisi predittiva
•
Altro
Linguaggio di programmazione:
Python
•
R
•
SQL
•
Colab
•
Java
Strumenti:
Quaderno jupyter
•
Altro
Tecnologia:
Python
•
R
•
Quaderno jupyter
•
Pandas
•
RStudio
FAQ
Traduzione automatica.
Non sono sicuro di quale analisi ho bisogno. Puoi aiutarmi a capirlo?
A: Assolutamente — scrivimi con il tipo di dati (FASTQ, BAM, matrice di conteggio, ecc.) e la tua domanda di ricerca. Ti dirò esattamente quale pacchetto fa per te e come sarà l'output prima di ordinare.
Quali file devo inviarti?
A: FASTQ, BAM, VCF o matrici di conteggio funzionano direttamente. Se i tuoi dati sono su NCBI GEO o SRA, inviami il numero di accesso — lo scaricherò io. Per file grandi, possiamo usare Google Drive o un link condiviso.
Lavori con dati Illumina, PacBio e Nanopore?
A: Sì, a tutti e tre. Ho esperienza pratica con dati a lunga lettura PacBio HiFi in particolare, e pipeline standard di short-read Illumina per RNA-seq e WGS.
Potrò riprodurre i tuoi risultati?
A: Sì. Ogni ordine include script bash/Python completamente documentati con commenti, così tu o il tuo laboratorio potete ripetere l'analisi in qualsiasi momento.
Posso usare le tue figure nel mio articolo o tesi?
A: Sì — tutte le figure sono consegnate a 300 DPI in formato PNG o PDF, pronte per pubblicazione su qualsiasi rivista.
Come ti invio dati riservati o non pubblicati?
Tratto tutti i dati dei clienti come strettamente riservati e non li condivido né li conservo dopo la consegna. Se hai bisogno di firmare un NDA, scrivimi prima di ordinare.
