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Eseguirò docking molecolare e screening virtuale per il tuo progetto

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Alaa H

Turchia

Parlo Arabo, Inglese, Turco

Neolaureato in Bioingegneria

Sono un laureato in Bioingegneria con esperienza pratica in biologia computazionale, modellazione molecolare e ricerca in laboratorio. Sono competente in workflow di Computer-Aided Drug Design (CADD),...
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Informazioni su questo servizio

Stai lavorando a un progetto di scoperta di farmaci e hai bisogno di risultati affidabili e riproducibili di docking molecolare? Che tu sia un ricercatore, uno studente di dottorato o un piccolo team biotech, posso eseguire un workflow completo di docking e consegnarti risultati chiari, pronti per la pubblicazione.


Ho esperienza pratica nell'esecuzione di pipeline di progettazione di farmaci basate sulla struttura (SBDD), inclusa una studio di docking completo con 5 ligandi contro la proteasi principale del SARS-CoV-2 (PDB: 7SFB), quindi so esattamente cosa deve essere un studio di docking rigoroso e ben documentato.


Cosa farò per te:

- Preparare il tuo target proteico (rimuovere le molecole d'acqua, aggiungere idrogeni e cariche Gasteiger)

- Preparare e ottimizzare il/i tuo/i ligando/i (minimizzazione dell'energia, conversione del formato)

- Definire il sito di binding / la griglia di docking

- Eseguire il docking usando AutoDock Vina o PyRx

- Visualizzare le pose di binding e le interazioni chiave in PyMOL o Discovery Studio

- Consegnare un rapporto scritto chiaro con punteggi di docking e analisi delle interazioni


Le consegne includono:

- File di output del docking (PDBQT / SDF)

- Visualizzazioni di pose di binding di alta qualità (PNG)

- Sommario scritto dei risultati con interpretazione


Strumenti usati: AutoDock Vina, PyRx, PyMOL, UCSF Chimera, Discovery Studio

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