Sfoglia categorie
Esplora
Fiverr Pro
Italiano
$
USD
Eseguirò docking molecolare con autodock vina o quickvina gpu
Ingegnere bioinformatico, docking molecolare e automazione con Python
Ricercatore in bioingegneria specializzato in docking molecolare, screening virtuale e automazione bioinformatica. Aiuto i laboratori di ricerca a trasformare flussi di lavoro lenti e manuali in pipel...
Informazioni su questo servizio
Ciao! Sono un ricercatore in bioingegneria con esperienza pratica nell'esecuzione di pipeline di docking molecolare su larga scala su workstation Linux accelerate con GPU.
COSA OTTIENI:
Docking professionale con AutoDock Vina o QuickVina-GPU 2.1
Preparazione corretta di recettori e ligandi (PDBQT, protonazione, cariche)
Punteggi di affinità di binding con analisi dettagliata
Posizioni di binding migliori classificate e visualizzate
Risultati puliti in CSV/Excel + rapporto PDF
PERCHÉ ME:
- Workflow accelerato con GPU (10-100x più veloce rispetto alla CPU)
- Esperienza di ricerca reale: ho analizzato oltre 180 GB del database ZINC contro bersagli di farmaci batterici
- Ho creato pipeline automatizzate per screening virtuale di prodotti naturali
- Script Python personalizzati adattati al tuo workflow
COSA INVIARMI:
1. Il tuo proteina (ID PDB o file PDB)
2. I tuoi ligandi (SMILES, SDF, MOL2 o nomi dei composti)
3. Informazioni sul sito attivo (o posso rilevarlo io)
Se hai bisogno di qualcosa di personalizzato o su larga scala (oltre 5000 ligandi), contattami prima di ordinare e creerò un pacchetto su misura.
Non vedo l'ora di lavorare con te!
Dominio:
Machine Learning
•
Deep learning
•
Modelli generativi
•
Altro
Linguaggio di programmazione:
Python
•
R
•
Colab
•
Altro
Strumenti:
Quaderno jupyter
•
tensorflow
•
Excel
•
Colab
•
Altro
FAQ
Traduzione automatica.
Devo inviare il file della struttura della proteina?
Non necessariamente. Se fornisci un ID PDB, lo recupererò e preparerò la struttura. Se hai solo una sequenza, posso costruire un modello di omologia o una previsione AlphaFold (piccolo costo aggiuntivo tramite gig extras).
Quale software di docking usi?
Principalmente AutoDock Vina e QuickVina-GPU 2.1 (accelerato con GPU). Posso usare anche UniDock o PLANTS se il tuo progetto ne ha bisogno.
Puoi gestire campagne di screening virtuale più grandi?
Sì. Per librerie più grandi (oltre 500-50.000 ligandi), contattami prima e creerò un pacchetto personalizzato con prezzi adeguati.
Quali file ricevo?
Tutti i file PDBQT di output, file di log, tabelle di scoring (Excel/CSV) e rapporto PDF. I file sorgente e gli script Python sono inclusi nei pacchetti Standard e Premium.
Come garantisci la qualità del docking?
Valido la configurazione con redocking di ligandi noti quando sono disponibili strutture cristalline, uso una definizione corretta della griglia e applico protocolli di preparazione standard (cariche Gasteiger, idrogeni polari, torsioni flessibili).
