Farò docking molecolare e simulazioni MD per la scoperta di farmaci


Informazioni su questo servizio
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Stai cercando di accelerare il tuo processo di scoperta di farmaci o ottenere approfondimenti strutturali dettagliati sulle interazioni tra proteina e ligando?
Offro servizi di chimica computazionale ad alta precisione e modellazione molecolare su misura per ricercatori, accademici e startup farmaceutiche. Utilizzando workflow validati in drug design basato sulla struttura (SBDD) e sul ligando (LBDD), fornisco risultati riproducibili e pronti per pubblicazioni.
I miei servizi tecnici includono:
- Docking molecolare: Mappatura del sito attivo e valutazione dell'affinità di binding usando AutoDock Vina e Material Studio.
- Screening virtuale: Screening ad alta capacità di grandi librerie di ligandi o piccole molecole.
- Ottimizzazione chimica quantistica: Ottimizzazione geometrica e calcoli elettrostatici con Gaussian.
- Previsione ADMET: Valutazione in silico di farmacocinetica e drug-likeness (Regola di Lipinski).
- Simulazioni MD: Monitoraggio dinamico a lungo termine della stabilità strutturale, RMSD, RMSF e analisi dei legami idrogeno.
- Visualizzazione: Figure 3D ad alta risoluzione renderizzate tramite PyMOL.
Cosa riceverai:
- Tutti i file di dati grezzi (.pdb, .pdbqt, .sdf, .mol2 e log/tracking delle traiettorie).
- Grafici strutturali di alta qualità, pronti per pubblicazioni.
- Un rapporto completo
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Molecular Docking ,Drug Discovery and Molecular Simulations Expert
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Lingue
Inglese
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FAQ
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Quali file di input o dati hai bisogno da me per iniziare il progetto?
Per la proteina target, ho bisogno dell'ID PDB o di un file .pdb/.cif ottimizzato. Per i ligandi, puoi fornire i nomi chimici, stringhe SMILES, CID di PubChem o strutture in formato .sdf o .mol2. Se il sito di binding è noto, condividi i residui attivi specifici o le coordinate del grid box.
Quali strumenti software specializzati e framework computazionali usi?
Utilizzo strumenti di livello industriale per massima riproducibilità: AutoDock Vina e Material Studio per docking molecolare e screening virtuale; Gaussian per ottimizzazioni chimiche quantistiche o DFT di ligandi; e PyMOL insieme a Discovery Studio per analisi visive 3D ad alta risoluzione e interazioni.
I file di dati di traiettoria e analisi grezzi sono inclusi nella consegna?
Sì. Insieme a un rapporto di analisi scritto completo contenente figure strutturali e grafici di dati, fornirò tutti i output grezzi—comprese pose dockate (.pdbqt / .pdb), topologie parametrizzate e dati delle traiettorie di simulazione—per permetterti di verificare o continuare il workflow localmente.
Puoi eseguire simulazioni di dinamica molecolare (MD) su complessi grandi o sistemi personalizzati?
Sì, posso configurare simulazioni per complessi proteina-ligando standard. Tuttavia, per proteine di membrana, interfacce proteina-proteina massive o richieste di timeline lunghe (>50 ns), contattami prima così possiamo stimare correttamente le esigenze di parametrizzazione strutturale e le risorse computazionali.
Le figure strutturali e i grafici dei dati saranno adatti per pubblicazioni di ricerca?
Assolutamente sì. Le visualizzazioni 3D molecolari generate tramite PyMOL sono di alta risoluzione e alta qualità DPI, adatte per pubblicazioni su riviste peer-reviewed, tesi o proposte di finanziamento accademico.

