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Eseguirò docking, screening virtuale e simulazioni MD
Biologo molecolare, esperto in simulazioni MD e docking molecolare
Sono un biologo molecolare specializzato in bioinformatica strutturale e progettazione di farmaci assistita da computer (CADD). Offro servizi completi di analisi in silico per ricercatori, studi accad...
Informazioni su questo servizio
Fornisco analisi strutturali in silico e modellazione molecolare computazionale utilizzando pipeline standard di bioinformatica.
Preparazione della proteina target e validazione della tasca di legame
Screening virtuale basato su farmacofori
Docking molecolare (interazioni proteina-ligando / proteina-proteina)
Simulazioni di dinamica molecolare (MD) (50ns - 100ns+)
Analisi delle traiettorie (RMSD, RMSF, Rg, SASA, legami idrogeno)
Calcolo dell'energia libera di legame (MM/PBSA)
Fornisco tutti i dati grezzi delle traiettorie, file CSV processati e file di parametri esatti (.mdp, .conf) usati durante le simulazioni. Tutte le analisi sono condotte utilizzando pipeline completamente documentate e riproducibili, così puoi facilmente validare e replicare i risultati per le tue pubblicazioni.
Hai bisogno di un workflow personalizzato per il tuo progetto? Ogni target biologico ha requisiti diversi, quindi inviami un messaggio con i dettagli specifici del tuo progetto prima di effettuare un ordine, così possiamo discutere i parametri tecnici esatti e i tempi di consegna per la tua ricerca.
FAQ
Traduzione automatica.
Quali informazioni devo fornire per avviare il progetto?
Devi fornire il codice PDB o il file di struttura cristallina del target proteico (.pdb). Per i ligandi, fornisci strutture chimiche in formato SMILES, SDF o PDB.
Cosa succede se il mio target proteico non ha una struttura cristallina sperimentale?
Posso eseguire modellazione di omologia (usando Swiss-Model o strumenti simili) per prevedere la struttura 3D della tua proteina prima di procedere con docking o simulazioni MD.
Fornisci i file delle traiettorie grezze?
Sì. Poiché i file di traiettoria MD (.xtc, .trr) sono spesso molto grandi (GB), li fornirò tramite un link sicuro di cloud storage. Anche tutti i file di parametri (.mdp) e i file di topologia (.top, .itp) saranno inclusi per garantire la riproducibilità completa.
Puoi eseguire calcoli per residui non standard o ioni metallici?
Sì. Posso gestire residui non standard e siti attivi contenenti metalli (forme holo) generando topologie specifiche e conducendo ottimizzazioni DFT tramite ORCA quando necessario.
I grafici e le visualizzazioni sono di qualità pronta per pubblicazioni?
Sì. Fornisco rendering PyMOL ad alta risoluzione (300-600 DPI) e grafici di qualità pubblicazione (tramite Matplotlib/Seaborn). Tutte le visualizzazioni sono formattate per rispettare gli standard delle principali riviste scientifiche.
Puoi gestire simulazioni a lungo termine oltre i 200 ns?
Sì, posso gestire simulazioni su scala di microsecondi. Tuttavia, poiché richiedono risorse computazionali significative e tempo, ti prego di contattarmi prima per un'offerta personalizzata così possiamo pianificare i tempi e le risorse di conseguenza.
