Farò docking molecolare e simulazioni md usando gromacs e autodock

Benvenuto nei servizi professionali di docking molecolare e simulazioni MD

Se cerchi modellazione strutturale rigorosa, di livello pubblicazione, e simulazioni computazionali per il tuo progetto di ricerca, sei nel posto giusto. Mi specializzo in docking di proteine-ligando e simulazioni di dinamica molecolare (MD) all-atom usando strumenti di settore.

Servizi offerti

• Docking molecolare (AutoDock Vina):
• Preparazione di proteine target e ligando (formato PDB/SDF, atomi mancanti, cariche).
• Docking ad alta precisione, analisi dell'affinità di binding e ranking.
• Profiling delle interazioni tra residui in 2D e 3D (ponti idrogeno, contatti idrofobici).

Simulazioni di dinamica molecolare (GROMACS):

• Configurazione del sistema, solvation, neutralizzazione delle cariche e generazione del force field.
• Minimizzazione dell'energia, equilbrio NVT/NPT e run di produzione (fino a 100 ns+).
• Analisi delle traiettorie: RMSD, RMSF, raggio di gyration, SASA e dinamica dei ponti idrogeno.

Deliverables pronti per pubblicazione:

• Figure 3D ad alta risoluzione (PyMOL / UCSF Chimera).
• Codice sorgente completo, file di topologia/MDP e dati di traiettoria grezzi (.xtc, .tpr, .edr).
• Rapporto analitico completo.