Eseguirò simulazioni di dinamica molecolare amber con analisi completa della traiettoria

Informazioni su questo servizio

Se lavori su un sistema proteina-ligando e hai bisogno di simulazioni di dinamica molecolare affidabili e ben analizzate per la tua ricerca o pubblicazione, offro servizi end-to-end di simulazione MD con AMBER, dalla preparazione del sistema alla creazione di figure pronte per la pubblicazione, utilizzando lo stesso pipeline impiegato in ricerche peer-reviewed di scoperta di farmaci computazionale.

Sono un ricercatore in biologia computazionale con esperienza pratica in AMBER/AmberTools, cpptraj e workflow di analisi basati su Python. Il mio lavoro ha supportato direttamente manoscritti inviati a riviste peer-reviewed in farmacologia computazionale.

Cosa consegno

Configurazione del sistema

Preparazione della struttura proteica e assegnazione dello stato di protonazione

Parametrizzazione del ligando usando antechamber

Solvatazione (casella d'acqua TIP3P o OPC), aggiunta di controioni

Assegnazione del force field: ff19SB (proteina), GAFF2 (piccola molecola)

Minimizzazione, riscaldamento e equilibration NPT/NVT

Esecuzione della simulazione MD di produzione

Traiettorie di produzione di 10, 50 o 100 ns (dipende dal pacchetto)

File di traiettoria .mdcrd completi consegnati

Analisi della traiettoria (Standard & Premium)

Figure pronte per pubblicazioni complete

Perché lavorare con me?

Esperienza reale con amber, non un wrapper cloud o uno strumento online.