Fornirò un'analisi completa della genetica delle popolazioni dai dati vcf

Fornirò un'analisi completa della genetica delle popolazioni dai dati VCF, utilizzando metodi robusti e riproducibili per caratterizzare la diversità genetica, i modelli di neutralità e la struttura della popolazione.

L'analisi standard include:

• Statistiche di base del VCF e controlli sui dati
• eterozigosità osservata e attesa (Ho/He)
• coefficiente di consanguineità
• Diversità nucleotidica (π; a livello genomico)
• Tajimas D (fisso, finestre non sovrapposte)

Addon 1: livello di popolazione

Consente analisi a livello di popolazione utilizzando un file di mappatura campione-popolazione fornito dal cliente. Include metriche stratificate per popolazione, PCA (LD-pruned), ADMIXTURE (K=210, 3 replicazioni per K, cross-validation) e F_ST pairwise (a livello genomico).

Addon 2: finestre scorrevoli

Amplia l'analisi con metriche a livello di finestre scorrevoli per rilevare pattern locali e finestre outlier. Include π nelle finestre scorrevoli (con passo) e Tajimas D in finestre fisse, con grafici e risultati tabulati.

Bonus: Se vengono selezionati entrambi gli addon, viene calcolato anche F_ST pairwise nelle finestre scorrevoli.

Note: Il VCF deve contenere i genotipi dei campioni. Le analisi a livello di popolazione richiedono un file di mappatura. La dimensione del dataset (varianti, campioni, popolazioni) è limitata dal pacchetto scelto. Outliers refe