Eseguirò assemblaggio del genoma dei cloroplasti e analisi comparativa

Informazioni su questo servizio

Se cerchi un bioinformatico professionista per gestire i tuoi dati di genomica delle piante, sei nel posto giusto. Mi specializzo in assemblaggio del genoma dei cloroplasti (plastome) e analisi comparativa genomica approfondita. Fornisco risultati pronti per pubblicazioni con figure ad alta risoluzione, ideali per riviste SCI.

Cosa offro in questo servizio:

1. Assemblaggio e annotazione del genoma

• Assemblaggio de novo: assemblaggio di genomi circolari di alta qualità da letture raw di Illumina, PacBio o Nanopore usando GetOrganelle o NOVOPlasty.
• Annotazione precisa: predizione dei geni (CDS, rRNA, tRNA) con GeSeq/PGA e curatela manuale per garantire accuratezza.

2. Analisi comparativa genomica

• Analisi dei confini IR: contrazione ed espansione delle ripetizioni invertite (giunzioni).
• Identificazione delle ripetizioni: SSRs (ripetizioni di sequenza semplice) e ripetizioni lunghe.
• Diversità nucleotidica: analisi a finestra scorrevole per individuare regioni altamente divergenti (Pi).
• Pressione selettiva: calcolo del rapporto Ka/Ks per i geni codificanti proteine.

3. Filogenesi e visualizzazione

• Alberi filogenetici: costruzione di alberi massimo verosimile (ML) o bayesiani (BI) usando IQ-TREE o MrBayes.
• Pro Figures: mappe circolari ad alta risoluzione (OGDRAW), grafici di sintonie e visualizzazioni di allineamenti comparativi.