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Analizzerò transcriptomics single cell rna seq e multiomics
Bioinformatica, Scrittura Scientifica e Analisi dei Dati
Sono un biologo e dottorando con esperienza in biologia molecolare, bioinformatica, analisi dei dati, R&D in biotecnologia, scrittura scientifica e supporto alla ricerca. Aiuto ricercatori, studenti, ...
Informazioni su questo servizio
Aiuto ricercatori, studenti e team biotech ad analizzare dati di transcriptomics, single-cell RNA-seq e multi-omics con risultati chiari, riproducibili e biologicamente significativi.
Posso lavorare con bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, matrici di espressione genica, dataset GEO, tabelle di proteomica processate e altri dataset biologici che richiedono analisi di espressione differenziale, clustering, geni marker, arricchimento di pathway o scoperta di biomarker.
A seconda del progetto, posso fornire riassunti QC, PCA, UMAP, clustering, grafici a volcano, heatmap, analisi di espressione differenziale, arricchimento GO/KEGG, geni candidati, interpretazione biologica, codice riproducibile in R/Python e un report strutturato.
Il mio background come biologo e dottorando mi permette di collegare i risultati computazionali con il contesto biologico reale, non solo di consegnare grafici o tabelle.
Per file FASTQ grezzi, grandi dataset single-cell o progetti multi-omics complessi, contattami prima di ordinare così posso rivedere il tipo di dato, il disegno sperimentale e la fattibilità.
Dominio:
Altro
Expertise:
Altro
Linguaggio di programmazione:
Python
•
R
Strumenti:
Altro
Tecnologia:
Python
•
R
•
Quaderno jupyter
•
RStudio
Modelli e metodi:
Altro
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FAQ
Traduzione automatica.
Che tipo di dati omici puoi analizzare?
Posso lavorare con bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, matrici di espressione genica, dataset GEO, tabelle di proteomica processate e altri dataset biologici, a seconda del formato e dell'obiettivo.
Analizzi file FASTQ grezzi?
L'analisi di FASTQ grezzi è disponibile solo dopo discussione, perché dipende dalla dimensione del file, dal numero di campioni, dalle esigenze di controllo qualità e dal pipeline richiesto. Contattami prima.
Puoi lavorare con dataset pubblici di GEO?
Sì. Posso aiutare ad analizzare dataset pubblici di GEO o di repository simili, se i dati sono disponibili, ben annotati e adatti all'analisi richiesta.
Analizzi dati di single-cell RNA-seq?
Sì. Posso lavorare con dati di single-cell RNA-seq usando Seurat o Scanpy, inclusi QC, clustering, UMAP, geni marker e interpretazione biologica.
Puoi analizzare dati di proteomica?
Sì, se fornisci tabelle di abbondanza proteica processate, tabelle di intensità LFQ o risultati di proteomica normalizzati. I file di spettrometria di massa grezzi non sono inclusi come pacchetto standard.
Puoi garantire geni significativi o biomarker?
No. I risultati dipendono dalla dimensione del campione, dalla qualità dei dati, dal disegno sperimentale e dal segnale biologico. Offro analisi rigorose, ma non posso garantire risultati specifici.
Di cosa hai bisogno per iniziare?
Ho bisogno del tuo dataset, metadati o informazioni sul campione, etichette di gruppo, domanda di ricerca, output attesi e eventuali strumenti o formati preferiti.
Fornisci il codice?
Sì. A seconda del pacchetto, posso fornire codice riproducibile in R o Python, script o un notebook con il workflow dell'analisi.
Devo contattarti prima di ordinare?
Sì. I progetti di bioinformatica variano molto, quindi è meglio rivedere il tipo di dato, il disegno e i risultati attesi prima di iniziare.
