Costruirò una pipeline bioinformatica riproducibile in nextflow

Costruisco pipeline bioinformatiche in Nextflow, adattando un'analisi che stai già eseguendo manualmente, o progettandone una da zero se parti solo da un insieme di strumenti e un obiettivo.

Nextflow è la scelta giusta per la maggior parte dei laboratori: gestisce la parallelizzazione e il ripristino di esecuzioni fallite senza configurazioni aggiuntive, e funziona allo stesso modo localmente, su un cluster o nel cloud, quindi la pipeline non deve essere ricostruita se la tua situazione di calcolo cambia in seguito.

Se hai già un workflow, lo ristrutturerò in processi definiti con input e output chiari ad ogni fase, e un ambiente Conda o container per ogni processo in modo che le versioni degli strumenti siano fisse e i risultati siano riproducibili. Se parti da zero, definiremo insieme i passaggi in base al tipo di dati e agli obiettivi dell'analisi prima che io costruisca qualcosa.

Scriverò la documentazione per usarla assumendo che chi esegue la pipeline non sia un bioinformatico e potrebbe non conoscere affatto Nextflow. Ciò significa istruzioni di configurazione in linguaggio semplice, cosa controlla realmente ogni parametro (non solo il suo nome), come appare un'esecuzione riuscita e cosa fare con i messaggi di errore più comuni.