Eseguirò la modellazione proteica per il docking e la dinamica

Selezionare e preparare la struttura 3D della proteina target è fondamentale per un esperimento di docking molecolare e/o simulazione di dinamiche molecolari di successo.

Posso offrire i seguenti servizi:

1. Selezionare la proteina target tramite ricerca in letteratura.
2. Raffinare la struttura 3D (quando viene fornito un file pdb o PDB ID)
3. Homology modeling con Swiss-Model partendo da sequenza FASTA o ID UniProt
4. Homology modeling con Modeller
5. I-TASSER per modellazione ab initio

## Le strutture 3D sperimentalmente derivate sono disponibili in diversi database, come

1. RCSB PDB
2. EBI
3. PDBJ
4. PDBSUM

## Strutture di alta qualità derivate computazionalmente si possono trovare anche su

ALPHAFOLD

## Quando le strutture 3D non sono disponibili nelle fonti sopra indicate, possiamo prepararle usando homology modeling con swissmodel. Tuttavia, abbiamo bisogno della sequenza di aminoacidi (FASTA) della proteina target. Di solito, recuperiamo la sequenza dal database UniProt. In tal caso, dobbiamo avere l'ID UniProt della proteina target.