Farò analisi bioinformatica di rna seq, metagenomica e microbioma 16s

Hai i file FASTQ. Quello di cui hai bisogno è qualcuno che possa trasformarli in risultati che il tuo PI e i revisori accetteranno.

Analizzo dati di sequenziamento per ricercatori e team biotech, e pubblico i miei. Il mio lavoro sul microbioma e sulla neurofarmacologia è stato pubblicato su riviste peer-reviewed, quindi scrivo risultati nel modo in cui i revisori si aspettano di leggerli.

Ciò che gestisco:

ampliconi 16S e ITS: QIIME2 o DADA2, diversità alfa e beta, tassonomia, abbondanza differenziale

RNA-seq di massa: allineamento, DESeq2 o edgeR, arricchimento GO e KEGG

Metagenomica shotgun: MetaPhlAn, recupero di MAG, profiling funzionale

Single cell: clustering con Seurat, geni marker, UMAP

Varianti: best practices GATK, GWAS

Ricevi grafici volcano, heatmap, figure PCoA e UMAP a 300 DPI, statistiche fatte correttamente con correzione per test multipli, codice documentato che puoi riutilizzare, e un paragrafo sui metodi scritto per il tuo manoscritto.

Lavoro con FASTQ, BAM, VCF, matrici di conteggio, o un accesso GEO o SRA, da Illumina, Nanopore o PacBio.

Scrivimi con la tua domanda di ricerca e il numero di campioni e ti dirò onestamente cosa i tuoi dati possono supportare prima di ordinare.