Analizzerò dati rna seq usando deseq2, edger, go, kegg e pca

Stai cercando un'analisi RNA-seq rigorosa, pronta per la pubblicazione, e non uno script che produce solo un CSV?

Sono il dottor Faisal, biologo molecolare vegetale con un dottorato e ricercatore post-dottorato (Connecticut Agricultural Experiment Station, USA), con oltre 35 pubblicazioni peer-reviewed e esperienza pratica con RNA-seq su più di 20 specie.

COSA OTTIENI:

QC (FastQC/MultiQC)

Trimming e allineamento (HISAT2/STAR o kallisto/salmon)

Espressione differenziale (DESeq2/edgeR)

PCA, grafici a volcano, heatmap

Analisi di arricchimento GO e percorsi KEGG

Interpretazione biologica scritta

QUESTO È PER:

Studenti di master, post-doc e laboratori con dati raw FASTQ o di conteggio che hanno bisogno di un'analisi corretta, di livello pubblicazione, non solo numeri.

COSA MI SERVE DA TE:

File FASTQ, matrice di conteggio o accessi SRA

Progetto sperimentale (quali campioni appartengono a quale gruppo)

Genoma di riferimento/specie

Scrivimi prima di ordinare se il tuo dataset è grande o di una specie non modello, così posso fare un preventivo accurato.