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Analizzerò dati rna seq usando deseq2, edger, go, kegg e pca
Trasformare scienza complessa in contenuti chiari e di impatto
Biotecnologo e Data Scientist con oltre 2 anni di esperienza istituzionale negli Stati Uniti, specializzato in Bioinformatica, Genomica e Scrittura Scientifica. Collego i dati biologici complessi a in...
Informazioni su questo servizio
Cerchi un'analisi RNA-seq rigorosa, pronta per la pubblicazione, non uno script che produce solo un CSV?
Sono il Dr. Faisal, biologo molecolare delle piante con dottorato e ricercatore post-dottorato (Connecticut Agricultural Experiment Station, USA), con oltre 35 pubblicazioni peer-reviewed e esperienza pratica in RNA-seq su più di 20 specie.
COSA OTTIENI:
QC (FastQC/MultiQC)
Trimming e allineamento (HISAT2/STAR o kallisto/salmon)
Espressione differenziale (DESeq2/edgeR)
PCA, grafici a volcano, heatmap
Analisi di arricchimento GO e percorsi KEGG
Interpretazione biologica scritta
QUESTO È PER:
Studenti di master, post-doc e laboratori con dati raw FASTQ o di conteggio che necessitano di analisi corretta, di livello pubblicazione, non solo numeri.
COSA MI SERVE DA TE:
File FASTQ, matrice di conteggio o accessi SRA
Design sperimentale (quali campioni sono quale gruppo)
Genoma di riferimento/specie
Contattami prima di ordinare se il tuo dataset è grande o di una specie non modello, così posso fare un preventivo accurato.
Il mio portfolio
FAQ
Traduzione automatica.
Quali dati di input hai bisogno da me?
Ho bisogno dei tuoi dati raw RNA-seq (file FASTQ) o della matrice di conteggio. Ho bisogno anche dei metadati dei tuoi campioni (condizioni, replicati, ecc.). Se hai informazioni sul genoma di riferimento, condividile pure.
Quali strumenti di bioinformatica usi?
Utilizzo strumenti standard come DESeq2, edgeR, limma-voom, ggplot2, pheatmap, clusterProfiler e altri per arricchimento GO e KEGG. Tutto il codice è riproducibile e te lo fornisco.
Fornisci il codice/script R?
Sì! Per i pacchetti Standard e Premium, fornisco lo script R completo usato per l'analisi. Questo garantisce che la tua analisi sia completamente riproducibile.
Puoi gestire dataset più grandi di 24 campioni?
Sì! Se hai più di 24 campioni, contattami prima di ordinare. Posso fornirti un preventivo personalizzato in base alla dimensione specifica del tuo dataset.
