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Eseguirò analisi di docking molecolare e di interazione proteina-ligando.
Bioinformatico Biologo Computazionale
Sono un bioinformatico e biologo computazionale con esperienza pratica nello sviluppo di pipeline NGS, annotazione di varianti somatiche e machine learning applicato usando ESM-2 e XGBoost. Mi special...
Informazioni su questo servizio
Stai cercando servizi precisi di docking molecolare e scoperta di farmaci computazionale per la tua ricerca o pubblicazione? Offro screening virtuale basato sulla struttura, calcolo dell'affinità di binding e profilazione delle interazioni 2D/3D.
Servizi offerti in questo servizio:
- Preparazione del target: pulizia del PDB, rimozione di acqua/eteroatom, assegnazione dello stato di protonazione.
- Preparazione del ligando: ottimizzazione della struttura, generazione di conformeri 3D e minimizzazione dell'energia.
- Docking molecolare: ottimizzazione della grid-box e calcolo della posa di binding usando AutoDock Vina.
- Analisi delle interazioni: mappatura delle interazioni ad alta risoluzione 2D (LigPlot+) e 3D (PyMOL) mostrando H-bond e contatti idrofobici.
- Drug-likeness: valutazione di ADME-Tox e della Rule of 5 di Lipinski usando SwissADME.
Perché scegliere il mio servizio?
- Solida base in Bioinformatica & Biologia Computazionale
- Figure pronte per pubblicazioni, alta risoluzione (300+ DPI)
- Dati grezzi completi forniti (.pdbqt, log, pose di output)
- Consegna rapida e comunicazione reattiva
Contattami con il PDB ID del target e le strutture dei ligandi (SMILES/SDF/PDB) per discutere del tuo progetto prima di ordinare.
FAQ
Traduzione automatica.
Quali file o dati devo fornire per iniziare?
Devi fornire solo l'ID PDB della proteina target (o il file di struttura) e le strutture dei tuoi ligandi (SMILES, PubChem CID, SDF o formato PDB).
Quali strumenti di docking e visualizzazione usi?
Principalmente uso AutoDock Vina per il docking molecolare, PyMOL e Discovery Studio per diagrammi di interazione 3D, e LigPlot+ / SwissADME per mappe 2D e drug-likeness.
Fornirai i file di output e di configurazione grezzi?
Sì, ogni pacchetto include tutti i file di output grezzi (.pdbqt, log di docking, affinità di binding e pose di output).
Puoi gestire screening batch personalizzati per più composti?
Sì. Se hai una libreria di composti personalizzata (da 10 a oltre 500 molecole), contattami direttamente e ti invierò un'offerta personalizzata su misura.
