Fornirò servizi di docking e simulazione MD

Sì, ho oltre 5 anni di esperienza professionale in bioinformatica, lavorando con successo su docking molecolare, simulazioni di dinamica molecolare e progetti di ricerca computazionale avanzata per clienti internazionali.

Sì, lavoro con dati di sequenza. A seconda delle esigenze del cliente, posso prevedere i candidati per i target dei farmaci e anche lo screening virtuale dei farmaci è un'opzione.

No, non è lo stesso per tutti i progetti, dipende dal progetto e dalla sua estensione.

Ho bisogno della struttura della proteina (ID PDB o file), della struttura del ligando/peptide e di obiettivi chiari del progetto.

Utilizzo strumenti standard del settore come AutoDock Vina, Schrödinger, MOE, GROMACS, DESMOND, HADDOCK e altre piattaforme computazionali affidabili.

Di solito tra 50 e 500 ns, a seconda delle esigenze del progetto. Si possono organizzare simulazioni più lunghe se necessario.

Sì, fornisco interpretazioni scientifiche chiare per aiutarti a capire se il tuo complesso è stabile e promettente.

Sì, le analisi e i rapporti sono preparati secondo gli standard accademici e di ricerca.

RMSD, RMSF, raggio di gyration, analisi dei legami idrogeno, SASA, stabilità dell'interazione e energia di binding libera (MM-PBSA/MM-GBSA), PCA, DCCM, FEL, analisi di cluster e molte altre.

Sì, posso esaminare più composti e classificarli in base all'affinità di binding e alla qualità dell'interazione.