Eseguirò simulazione di dinamica molecolare e analisi

"Hai bisogno di una simulazione di dinamica molecolare MD affidabile per il tuo proteina o complesso proteina-ligando? Offro simulazioni MD di livello di ricerca e analisi usando GROMACS, aiutando ricercatori e studenti a validare la stabilità strutturale e il comportamento di binding nel tempo.

Ciò che offro: simulazioni MD di proteine o complessi proteina-ligando con configurazione del sistema, minimizzazione dell'energia, equilibration e run di produzione. L'analisi post-simulazione include RMSD, RMSF, raggio di gyration, analisi di legami idrogeno e, opzionalmente, calcoli di energia di binding free MM-PBSA/GBSA.

Strumenti: GROMACS, VMD, PyMOL, Xmgrace per i grafici.

Ricevi: un rapporto PDF dettagliato con tutti i grafici di analisi, file di traiettoria/output grezzi e un riassunto chiaro dei risultati sulla stabilità strutturale.

Perché scegliere me: esperienza pratica su tutta la pipeline computazionale, dal docking alla MD fino all'analisi dell'energia libera, così capisco come i risultati della tua simulazione si inseriscono nel quadro più ampio del tuo progetto.

Preparati: la struttura della tua proteina (file PDB) e, se applicabile, la struttura del ligando (PDB/MOL2/SDF). Fammi sapere la durata desiderata della simulazione o lascia che te ne consigli io.

Scrivimi i dettagli del tuo sistema per un preventivo personalizzato, iniziamo la tua simulazione