Svilupperò pipeline omics riproducibili

Pipeline riproducibili per RNA-Seq, DNA-Seq e Ribo-Seq

Stai lavorando con dati RNA-Seq, DNA-Seq o Ribo-Seq e hai bisogno di flussi di lavoro di analisi robusti e riproducibili?

Costruirò pipeline omics personalizzate usando Snakemake o Nextflow, progettate per scalabilità, chiarezza e riproducibilità.

Le mie pipeline seguono le migliori pratiche in bioinformatica e sono modulari, ben documentate e controllate dall'ambiente (Conda o virtualenv). Che tu stia processando un singolo campione o un intero lotto sperimentale, ti aiuterò ad automatizzare QC, allineamento, quantificazione e analisi differenziale con flessibilità per integrare strumenti e visualizzazioni downstream.

Questo servizio include flussi di lavoro di analisi RNA-Seq completamente automatizzati usando strumenti come STAR, HISAT2 e DESeq2, dal raw FASTQ alla visualizzazione e analisi differenziale finale.

• Flussi di lavoro per singolo e più campioni
• Regole e parametri configurabili
• Struttura di output chiara e documentazione
• Compatibile con esecuzione locale o HPC
• Output pronti per ML e hook di arricchimento opzionali

Ottimizziamo la tua analisi omics e assicuriamo che sia pronta per la pubblicazione, riproducibile e futura.

Contattami per discutere del tuo progetto prima di effettuare un ordine.