Eseguirò docking molecolare, simulazioni MD e analisi admet

Ciao,

Sono un ricercatore specializzato in bioinformatica e chimica computazionale. Se hai bisogno di docking molecolare, simulazioni di dinamica molecolare (MD) o profilazione ADMET per il tuo progetto di ricerca, tesi o articolo, posso aiutarti a configurarlo e a eseguirlo.

Eseguo simulazioni utilizzando GPU cloud ad alte prestazioni (principalmente GROMACS e AutoDock Vina) per fornire risultati rapidi e precisi.

Ciò in cui posso aiutarti:

Docking molecolare: docking di proteine-ligando (AutoDock Vina, PyRx), docking specifico del sito o a scatola, screening virtuale e visualizzazione delle pose (PyMOL/Discovery Studio).

Simulazioni MD: configurazione del sistema, equilibration e run di produzione (da 10ns a oltre 100ns) in GROMACS o NAMD. Analizzerò RMSD, RMSF, Rg, SASA, legami idrogeno e energia di binding MM-PBSA.

ADMET e drug-likeness: profiling SwissADME/pkCSM e filtri della regola di Lipinski dei cinque.

Homology Modeling: modellazione della struttura 3D delle proteine (SWISS-MODEL/Modeller) e validazione.

Cosa riceverai:

Un rapporto di risultati pulito e professionale con figure pronte per la pubblicazione.

Tutti i file di output grezzi (.pdbqt, .gro, .xtc, .xvg, ecc.) per i tuoi archivi.

Una sezione metodologica scritta che puoi facilmente formattare per il tuo articolo o tesi.