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Eseguirò qualsiasi simulazione di dinamica molecolare GROMACS e analisi della traiettoria
Inizia un viaggio di creatività e precisione con gli esperti
Sono Jalal Khan Utman, ricercatore in MS Biotechnology (PAF-IAST) che lavora sia sul lato computazionale della scoperta di farmaci (AutoDock Vina, GROMACS con CHARMM36m, PyMOL, Linux/SLURM HPC) sia su...
Informazioni su questo servizio
Hai bisogno di simulazioni di Dinamica Molecolare (MD) di livello pubblicazione in GROMACS? Configuro, eseguo e analizzo sistemi biomolecolari usando cluster HPC accelerati da GPU.
SISTEMI COPERTI:
- Complessi proteina-ligando (piccole molecole, composti naturali)
- Apo-proteine & stabilità comparativa tra Wild-type e Mutante
- Complessi proteina-proteina e peptide-recettore
- Proteine di membrana (inserimento nel lipide bilayer e solvatazione)
- Interazioni nanoparticella-biomolecola
WORKFLOW & FORCE FIELDS:
- Parametrizzazione tramite CHARMM36m/CGenFF, AMBER/GAFF2 e OPLS-AA
- Esecuzione di produzione accelerata da GPU gestita tramite ambienti Linux/SLURM
- Solvatazione, neutralizzazione, minimizzazione, equilibration NVT/NPT
ANALISI DELLA TRAIETTORIA & CONSEGNE:
- Metriche strutturali: RMSD, RMSF, raggio di gyration (Rg) e SASA
- Dinamiche di interazione: legami idrogeno, mappe di contatto e PCA
- Consegnabili: coordinate (.gro/.pdb), traiettoria pulita (.xtc), file raw .xvg, grafici di vettori di pubblicazione (300 DPI) e relazione sui metodi.
Contattami con il tuo PDB ID, dettagli del sistema e durata della simulazione prima di ordinare!
Il mio portfolio
FAQ
Traduzione automatica.
Puoi simulare sistemi diversi da proteina-ligando?
Sì. Gestisco apo-proteine, mutazioni puntiformi, complessi proteina-peptide, inserimenti in membrane lipidiche e interfacce nanoparticella-proteina.
Quale hardware usi per le esecuzioni di produzione?
Le simulazioni vengono eseguite su nodi GPU ad alte prestazioni usando SLURM per la pianificazione dei lavori e ambienti containerizzati per una rapida esecuzione.
Fornisci i file della traiettoria?
Sì, ricevi tutti i file di topologia, parametri (.mdp), coordinate e traiettorie processate, insieme a immagini ad alta risoluzione.
