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Effettuerò analisi dei dati di microbioma e metagenomica
Analisi del microbioma, scrittura di grant, editing di manoscritti, immunologia, oncologia
Sono un ricercatore con PhD in immunologia del cancro e scienze del microbioma all'Università Laval, in Canada. Negli ultimi 5 anni sono stato fortunato a pubblicare su riviste come Nature Communicati...
Informazioni su questo servizio
Stai affogando nei dati di sequenziamento ma non sai come analizzarli correttamente?
Sono un ricercatore con PhD in immunologia del cancro e scienze del microbioma alla Laval University, Canada. Ho analizzato dati di 16S rRNA e metagenomica shotgun da coorti cliniche di oltre 600 campioni, pubblicati su Nature Communications, e presentati in più di 40 conferenze internazionali. So cosa aspettano i revisori e cosa rende le figure pronte per la pubblicazione.
Cosa posso analizzare:
- Sequenziamento amplicon di 16S rRNA (DADA2, Phyloseq)
- Metagenomica shotgun (MetaPhlAn, Kraken/Bracken)
- Analisi di diversità alpha e beta
- Abundance differenziale (LefSe, ANCOM-BC2, MaAsLin2)
- Percorsi funzionali (HUMAnN)
- Assemblaggio del metagenoma e annotazione funzionale
- RNA-seq bulk (interazioni host-microbioma)
Strumenti: R, Python, DADA2, Phyloseq, MetaPhlAn, HUMAnN, cluster HPC
Riceverai: Analisi pulite e completamente riproducibili, figure pronte per la pubblicazione (qualità rivista), interpretazione scritta chiara dei tuoi risultati, tutti gli script R e Python usati
Con chi lavoro: studenti PhD, ricercatori accademici, startup biotech e team di ricerca clinica in Nord America, Europa e Asia.
Non sei sicuro che i tuoi dati siano adatti? Scrivimi prima, ti dirò onestamente cosa è possibile.
Il mio portfolio
FAQ
Traduzione automatica.
Quali file devo fornire?
File FASTQ grezzi dal tuo sequenziatore, insieme a un file di metadati (informazioni sul campione, gruppi, condizioni). Se non sei sicuro di cosa condividere, scrivimi prima e ti guiderò.
I miei dati sono da campioni clinici umani, va bene?
Sì, lavoro regolarmente con dati di coorti cliniche umane. Assicurati solo che i tuoi dati siano anonimizzati e che tu abbia l'approvazione etica appropriata.
Devo conoscere la bioinformatica per lavorare con te?
Assolutamente no. Gestisco l'intera analisi e spiego i risultati in modo semplice. Devi solo capire la tua biologia, io mi occupo del codice.
In quale formato saranno consegnate le figure?
File PDF ad alta risoluzione, SVG e PNG, pronti per la sottomissione su rivista. Posso anche modificare colori o layout in base alle esigenze della rivista.
Puoi aiutarmi a interpretare i risultati per il mio manoscritto?
Sì. Tutti i pacchetti includono un'interpretazione biologica scritta. Per i pacchetti Standard e Premium fornisco un testo dettagliato pronto per la discussione.
