Faro' analisi bioinformatica di bulk e singola cellula rna seq

Sono un bioinformatico che offre analisi RNA-seq usando strumenti standard del settore DESeq2, Scanpy e Cytoscape, non pipeline automatizzate a scatola nera. Ogni script viene eseguito e verificato manualmente prima della consegna, così i risultati sono precisi e pronti per la tua tesi, dissertazione o manoscritto.

RNA-Seq di base per differenziale di espressione

Analisi DESeq2 dal tuo tavolo di conteggi grezzi. Ricevi un grafico a volcano, una heatmap dei geni più significativi, una tabella Excel con Log2FC e p-value corretti, e un breve paragrafo sui metodi. Pronto per pubblicazioni, 300dpi.

STANDARD + Rete di interazione proteina-proteina

Tutto nel Basic, più una rete di interazione proteica basata su STRING creata in Cytoscape, con identificazione dei geni hub (cytoHubba) e una tabella dei tuoi 10 geni hub principali.

ANALISI PREMIUM di RNA-seq a singola cellula

Pipeline completa in Scanpy: controllo qualità, clustering e visualizzazione UMAP. I tipi di cellula sono etichettati dai geni marker reali, mai indovinati. Include il grafico UMAP, violin plots per geni marker e una tabella di geni marker per ogni cluster.

Confermo sempre che i nomi dei campioni corrispondano tra i tuoi file prima di iniziare, così eviti errori nei risultati.