Condurrò docking molecolare e simulazione MD con GROMACS

Sono uno studente del secondo anno di Master in Medicina Tradizionale Cinese presso l'Università del Nord-Ovest, sotto la supervisione del Professor Wang Yonghua, fondatore del database TCMSP. Con 2 anni di esperienza di ricerca in laboratorio e 1,5 anni di servizio accademico freelance, ho completato oltre 600 progetti di simulazione molecolare per tesi di laurea e pubblicazioni su riviste.

Offro servizi completi di farmacologia computazionale che coprono tre moduli principali:

1. Docking molecolare: AutoDock Vina/4 docking proteina-ligando, pretrattamento di ligando e proteina, classificazione dell'affinità di binding, diagrammi di interazione 2D e visualizzazione 3D con PyMOL.
2. Simulazione MD con GROMACS: simulazione di traiettoria di 100ns per sistemi proteina-ligando, peptidi e proteina-proteina, analisi completa di RMSD, RMSF, Rg, SASA e legami idrogeno.
3. Energia libera di binding MM/PBSA: decompostione dell'energia residuo, estrazione di snapshot di conformazione e valutazione quantitativa della capacità di binding.

Tutti i pacchetti forniscono file di parametri grezzi, figure vettoriali ad alta risoluzione modificabili, tabelle di dati ordinate e guide passo passo per l'operatività. Offro consulenza illimitata via testo e una revisione gratuita di una figura per ogni ordine. I file completi di traiettoria MD sono disponibili con un costo extra.