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Eseguirò simulazione di dinamica molecolare con gromacs e analizzerò la tua proteina
Bioinformatico specializzato in RNA seq e analisi di Single Cell, analista di bioinformatica
Ciao, sono Maaz, un ricercatore in biotecnologie di Karachi con esperienza pratica in bioinformatica. Costruisco pipeline riproducibili e trasformo dati di sequenziamento grezzi in risultati chiari e ...
Informazioni su questo servizio
Hai bisogno di una simulazione di dinamica molecolare ma sei bloccato sulla configurazione, errori o analisi? Sono un ricercatore in biotecnologie con esperienza pratica in GROMACS, e porterò la tua proteina dal file PDB a grafici pronti per la pubblicazione.
Ciò che ottieni:
- Preparazione completa del sistema (forza campo CHARMM36, acqua TIP3P esplicita, neutralizzazione con ioni)
- Minimizzazione dell'energia, equilbrio NVT e NPT, MD di produzione
- Pulizia della traiettoria (correzione PBC, fitting)
- Analisi: RMSD, RMSF, raggio di gyration, legami idrogeno, SASA, struttura secondaria e PCA (a seconda del pacchetto)
- Grafici puliti e etichettati (PNG, alta risoluzione) più i file dei dati grezzi
- Un breve riassunto dei metodi che puoi adattare per il tuo report
Nota: Fornisco la simulazione e l'analisi. L'interpretazione e la stesura del tuo studio rimangono a te. La durata della simulazione e la dimensione del sistema dipendono dai limiti di calcolo, quindi scrivimi prima con il tuo PDB ID o file e ti confermerò la fattibilità.
Non sei sicuro di quale pacchetto sia più adatto? Mandami un messaggio e te ne consiglierò uno.
Il mio portfolio
FAQ
Traduzione automatica.
Quale software utilizzi?
GROMACS, con grafici realizzati in Python/Matplotlib e visualizzazione in PyMOL.
Quanto può durare la simulazione?
Dipende dalla dimensione del sistema. Scrivimi prima e ti confermerò.
Puoi simulare proteine di membrana?
Non ancora. Chiedimi prima di ordinare. (Includi questa domanda solo se è vero per te. Non promettere sistemi di membrana finché non ne hai eseguito uno.)
Scriverai la sezione della mia tesi?
No. Fornisco la simulazione, i dati, le figure e il riassunto dei metodi.
Otterrò i file di input?
Sì, nel pacchetto Premium (o come extra).
