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Analizzerò dati RNA seq a singola cellula umana con annotazione delle cellule
Analista di bioinformatica RNA seq Visualizzazione scientifica dei dati
Analista di bioinformatica specializzato in bulk RNA-seq umano, analisi dell'espressione genica e visualizzazione di dati scientifici. Aiuto i ricercatori a trasformare le matrici di conteggio e i met...
Informazioni su questo servizio
Trasforma i tuoi dati di RNA-seq a singola cellula umana in intuizioni biologiche chiare, strutturate e pronte per la pubblicazione.
Offro un workflow di analisi accurato e consapevole dell'identità che preserva la relazione tra cellule, campioni e soggetti durante tutto il progetto. I tuoi risultati saranno consegnati con figure di alta qualità, tabelle organizzate e interpretazioni scientifiche chiare.
A seconda del pacchetto scelto, l'analisi include:
Validazione della matrice di conteggio e dei metadati
Controllo qualità per ogni campione
Rilevamento e filtraggio dei doppioni
Normalizzazione, PCA, UMAP e clustering
Integrazione e revisione degli effetti batch
Identificazione di geni marker
Annotazione del tipo cellulare basata su evidenze
UMAP, dot plot, heatmap pronti per la pubblicazione
File H5AD organizzati e tabelle dei risultati
Differential expression pseudobulk soggetto-aware
Analisi della composizione cellulare a livello di campione
Rapporto di analisi strutturato e registri di qualità
Questo servizio è ideale per studi di singole cellule multi-sample umane in ambito biomedico, farmaceutico e biotecnologico. Combino analisi bioinformatica e visualizzazione scientifica per fornire risultati chiari, affidabili e pronti per report di ricerca, presentazioni e pubblicazioni.
Il mio portfolio
FAQ
Traduzione automatica.
Quali dati di input accetti?
Lavoro con una matrice di conteggio di geni interi per cellula umana e metadati corrispondenti. Fornisci mappature cella-campione, ID soggetti, etichette di condizione e identificatori di geni quando disponibili.
Processi i file FASTQ grezzi?
Questi pacchetti partono da una matrice di conteggio interi. L'allineamento e la quantificazione raw FASTQ non sono inclusi. Contattami se i tuoi dati sono ancora in una fase di elaborazione precedente.
Come fai l'annotazione del tipo cellulare?
Utilizzo geni marker, pattern di espressione dei cluster e riferimenti biologici disponibili. L'annotazione si basa su evidenze e le popolazioni incerte o conflittuali sono chiaramente identificate per la revisione.
Come si analizza l'espressione differenziale?
Quando il disegno dello studio lo supporta, il pacchetto Premium utilizza analisi pseudobulk soggetto-aware. Le cellule forniscono profondità di misurazione, mentre i soggetti biologici definiscono la replicazione statistica.
Sono inclusi script riproducibili?
Gli script e i notebook R o Python non sono inclusi di default. Script riproducibili possono essere acquistati come Extra a pagamento dopo aver revisionato scopo, formato dei dati e ambiente richiesto.
Puoi garantire marker specifici o risultati significativi?
I risultati dipendono dalla qualità dei dati, dal disegno dello studio, dalla variazione biologica e dalla replicazione dei campioni. Offro un'analisi rigorosa e trasparente, ma marker specifici o significatività statistica non possono essere garantiti.
Quali analisi non sono incluse in questi pacchetti?
Analisi di transcriptomica spaziale, scATAC-seq, multiome, traiettoria, comunicazione cellula-cellula, rete regolatoria e CNV richiedono una revisione separata di fattibilità e prezzo.
