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Analizzerò i dati rna seq con deseq2 e grafici pronti per la pubblicazione
Analista di dati bioinformatici Omics
Ciao, sono Maghooz Khan, un bioinformatico professionista e sviluppatore di AI. Lavoro su genomica, metagenomica, RNA-Seq, epigenetica, metilazione, analisi CNV e progetti di bioinformatica basati su ...
Informazioni su questo servizio
Cerchi un'analisi RNA-seq con tabelle chiare, grafici e interpretazione biologica?
Analizzerò dati di RNA-seq bulk o di espressione genica per ricerca, tesi, manoscritti o progetti biotech. Posso lavorare con file FASTQ, matrici di conteggio, tabelle di espressione e file di metadati.
I servizi includono:
- Controllo di qualità RNA-seq e revisione dei campioni
- Analisi di espressione differenziale usando DESeq2 o edgeR
- PCA, clustering dei campioni, volcano plot e heatmap
- Arricchimento GO, KEGG, Reactome o GSEA
- Tabelle di DEG pulite e riepiloghi di espressione genica
- Report Word/PDF con interpretazione chiara
- Codice workflow in R/Python o Linux quando richiesto
Gli strumenti possono includere FastQC, MultiQC, STAR, HISAT2, Salmon, featureCounts, DESeq2, edgeR, clusterProfiler, ggplot2, R, Python e Linux.
Per favore contattami prima di ordinare così posso confermare il numero di campioni, gruppi, confronti, file di input e il miglior pacchetto per il tuo progetto.
FAQ
Traduzione automatica.
Di quali file hai bisogno per iniziare?
Ho bisogno di file FASTQ, matrice di conteggio, file di metadati, dettagli sul gruppo di campioni e le comparazioni che vuoi analizzare.
Puoi analizzare i file FASTQ raw?
Sì, posso analizzare i file FASTQ raw usando un workflow completo di RNA-seq, che include QC, allineamento o quantificazione, generazione di conteggi e analisi downstream.
Puoi lavorare solo con una matrice di conteggio?
Sì, se hai già una matrice di conteggio e metadati, posso eseguire analisi di espressione differenziale, visualizzazione, arricchimento e report.
Fornisci grafici pronti per la pubblicazione?
Sì, posso fornire grafici PCA, volcano, heatmap, grafici a barre, a punti e figure di arricchimento di pathway.
