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Farò docking molecolare, screening virtuale e simulazione MD
Analista di dati bioinformatici Omics
Ciao, sono Maghooz Khan, un bioinformatico professionista e sviluppatore di AI. Lavoro su genomica, metagenomica, RNA-Seq, epigenetica, metilazione, analisi CNV e progetti di bioinformatica basati su ...
Informazioni su questo servizio
Hai bisogno di docking molecolare, screening virtuale, simulazione MD o analisi dell'interazione proteina-ligando per la tua ricerca?
Ti aiuterò a studiare le interazioni tra ligando e proteina o tra proteina e proteina usando workflow affidabili di scoperta di farmaci computazionale.
I servizi includono:
- Preparazione di ligando/proteina
- Docking molecolare e screening virtuale
- Analisi del punteggio di docking e delle pose di binding
- Diagrammi di interazione 2D/3D
- Configurazione/analisi della simulazione di dinamica molecolare
- Interpretazioni di RMSD, RMSF, Rg, SASA, H-bond e MM/PBSA
- Rapporto scientifico, tabelle e figure pronte per pubblicazione
Gli strumenti possono includere AutoDock Vina, PyRx, Chimera/ChimeraX, Discovery Studio, GROMACS, VMD, Pymol e strumenti correlati a seconda del progetto.
Contattami prima di ordinare così posso verificare la tua proteina, ligandi, numero di composti, durata della simulazione, timeline e risultati attesi.
FAQ
Traduzione automatica.
Di quali informazioni hai bisogno prima di iniziare il progetto?
Ho bisogno della struttura della proteina target o ID PDB, strutture dei ligandi o ID PubChem, numero di composti, strumenti di docking/MD richiesti se presenti, obiettivo del progetto e risultati attesi come rapporto, figure, tabelle o risultati in stile manoscritto.
Puoi lavorare se ho solo i nomi dei ligandi o gli ID PubChem?
Sì. Posso recuperare le strutture dei ligandi da PubChem o altri database pubblici, prepararle e usarle per docking o screening virtuale. Per composti personalizzati o non pubblicati, fornisci file SDF, MOL, MOL2, PDB o SMILES.
Che tipo di analisi di docking includerai?
A seconda del pacchetto, posso fornire punteggi di docking, le migliori pose di binding, tabelle di ligandi ordinati, diagrammi di interazione 2D/3D, legami idrogeno, interazioni idrofobiche, discussione sull'interazione nel sito attivo e interpretazione scientifica.
Fornisci figure e tabelle pronte per pubblicazione?
Sì. Posso preparare figure e tabelle pulite per tesi, manoscritti, presentazioni o rapporti, inclusi immagini di interazioni di docking, tabelle di affinità di binding, figure di confronto delle pose e grafici di analisi MD dove applicabile.
Puoi seguire un articolo di ricerca o un protocollo specifico?
Sì. Se hai un articolo di riferimento, un protocollo o requisiti di rivista, condividilo prima di ordinare. Posso progettare il workflow per adattarsi agli strumenti, parametri, griglia di docking, ligandi, passaggi di preparazione della proteina o stile di analisi richiesti, dove possibile.
Quali analisi di simulazione MD puoi fornire?
Per progetti di MD, posso fornire analisi come RMSD, RMSF, raggio di gyration, SASA, legami idrogeno, termini energetici, analisi delle distanze, visualizzazione delle traiettorie e interpretazione della stabilità del complesso a seconda del pacchetto e dell'ambito del progetto.
Puoi gestire docking proteina-proteina o solo docking proteina-ligando?
Supporto sia per docking proteina-ligando che per docking proteina-proteina, a seconda del progetto. Condividi le strutture proteiche, l'interazione target e l'analisi attesa così posso confermare il workflow migliore prima di iniziare.
Perché messaggiare prima di ordinare?
Ogni progetto differisce per dimensione della proteina, numero di ligandi, strumenti, durata della MD e necessità di rapporto, quindi prima bisogna verificare l'ambito.
