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Eseguirò simulazioni MD, docking molecolare e analisi dei dati
Ricercatore post-dottorato
Ciao, sono Mueed, Biologo Computazionale/Bioinformatico con oltre 4 anni di esperienza post-dottorato in Computer-Aided Drug Design (CADD), screening virtuale assistito da AI, docking e simulazioni. H...
Informazioni su questo servizio
Posso aiutarti con:
Docking molecolare e analisi delle interazioni tra proteina e ligando
Analisi post-simulazione tra cui RMSD, RMSF, PCA e analisi delle interazioni
Modelli di stato di Markov, reti di correlazione e analisi basate su grafi
Scoperta di farmaci computazionale e design molecolare de novo
Analisi di dati scientifici usando Python, R e MATLAB
Interpretazione e visualizzazione dei risultati computazionali
Revisione e ottimizzazione dei workflow di modellazione molecolare
Fornisco analisi accurate, riproducibili, con interpretazioni scientifiche chiare e output pronti per presentazioni.
Dominio:
Machine Learning
Expertise:
Apprendimento delle funzioni
•
Analisi predittiva
Linguaggio di programmazione:
Python
•
R
•
MATLAB
Strumenti:
tensorflow
•
Excel
Tecnologia:
Python
•
PyTorch
•
scikit-learn
•
MATLAB
•
Pandas
•
RStudio
Il mio portfolio
FAQ
Traduzione automatica.
Di quali informazioni hai bisogno prima di iniziare il progetto?
Per favore, fornisci una breve descrizione del tuo progetto, il tipo di analisi richiesta, file/dati di input disponibili, preferenze di software se presenti e i risultati attesi. Per progetti di docking o MD, fornisci anche strutture di proteine/ligandi e eventuali file di simulazione o docking già esistenti.
Puoi analizzare traiettorie MD esistenti o risultati di docking?
Sì. Posso analizzare traiettorie fornite, pose di docking, profili di interazione e dati correlati, inclusi RMSD, RMSF, PCA, interazioni proteina-ligando, analisi conformazionale e visualizzazione scientifica.
Esegui simulazioni di dinamica molecolare da zero?
Sì, ma dipende dalle risorse computazionali disponibili. Contattami prima di ordinare una simulazione MD completa per confermare scope, tempistiche e costi.
Con quale software di modellazione molecolare lavori?
Ho esperienza con AMBER e GROMACS per simulazioni di dinamica molecolare, oltre a docking molecolare, PyMOL, RDKit, Python, R, MATLAB, Shell (scripting) e strumenti correlati di biologia computazionale.
Puoi lavorare con più ligandi o complessi proteina–ligando?
Sì, ma il carico di lavoro dipende dal numero di sistemi e dal tipo di analisi richiesta. Contattami prima per progetti con più ligandi, docking su larga scala o diverse traiettorie MD.
Fornirai figure e interpretazioni dei risultati?
Sì. A seconda del pacchetto scelto, posso fornire interpretazioni scientifiche chiare, figure di livello pubblicazione o presentazione e un riassunto conciso dei principali risultati.
Puoi aiutare a revisionare o risolvere problemi nel mio workflow computazionale?
Sì. Posso revisionare workflow di docking molecolare, simulazioni MD o biologia computazionale, identificare problemi metodologici, raccomandare strumenti e parametri adeguati e migliorare la riproducibilità.
I miei dati e risultati non pubblicati resteranno riservati?
Sì. I dati del cliente, i risultati non pubblicati, le strutture e le informazioni sul progetto saranno trattati come riservati e usati solo per completare il lavoro concordato.
