Farò analisi bioinformatica rna seq dna seq e chiamata di varianti

Hai bisogno di un'analisi bioinformatica affidabile, pronta per la pubblicazione? Sei nel posto giusto.

Offro analisi NGS end-to-end per RNA-Seq e DNA-Seq, inclusa la chiamata completa di varianti e annotazioni, seguendo le GATK Best Practices e gli strumenti più aggiornati e riconosciuti come standard.

RNA-Seq: controllo qualità, trimming, allineamento (STAR / HISAT2 / Salmon), quantificazione, espressione differenziale (DESeq2 / edgeR) e arricchimento funzionale (GO / KEGG / GSEA) con PCA, grafici a volcano e heatmap.

DNA-Seq & Analisi di varianti: allineamento (BWA-MEM), marcatura duplicati, BQSR, chiamata di varianti (GATK HaplotypeCaller / Mutect2 / DeepVariant / bcftools), più annotazione (VEP / ANNOVAR / SnpEff) e tabelle di varianti filtrate e prioritarizzate.

Ottieni risultati puliti, riproducibili: file processati, tabelle annotate, figure ad alta risoluzione e un riassunto chiaro dei metodi che puoi inserire direttamente in un paper o report.

Lavoro con organismi umani, modelli e non modelli, sia in studi germinali che somatici.

Nuovo progetto o non sei sicuro di cosa ti serve? Scrivimi prima e ti aiuterò a pianificare la pipeline esatta e a fornirti un preventivo per i tuoi dati.