Eseguirò analisi dei dati NGS
Bioinformatico
Informazioni su questo servizio
Offro servizi professionali di analisi dei dati NGS, specializzandomi nella conversione di dati di sequenziamento grezzi (FASTQ) in risultati di varianti di alta qualità (VCF).
Realizzerò un pipeline completo e affidabile utilizzando strumenti standard di bioinformatica.
Cosa farò:
- Controllo qualità dei FASTQ (FastQC, fastp)
- Allineamento delle sequenze usando BWA
- Elaborazione BAM con SAMtools
- Chiamata di varianti usando GATK
- Output VCF pulito e riproducibile
Cosa riceverai:
- File BAM processati
- File VCF finale
- Sintesi delle operazioni eseguite
️ Importante:
- Adatto per dataset di ricerca e accademici
- Dataset di grandi dimensioni potrebbero richiedere tempo o risorse aggiuntive
Se hai esigenze specifiche, sentiti libero di contattarmi prima di effettuare un ordine.
Tecnologia:
Quaderno jupyter
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RStudio
Expertise:
Predizione
Linguaggio di programmazione:
Python
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R
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SQL
FAQ
Traduzione automatica.
Di quali dati hai bisogno?
File FASTQ e genoma di riferimento (se disponibile)
Riesci a gestire set di dati di grandi dimensioni?
Sì, ma dataset di grandi dimensioni potrebbero richiedere tempo o risorse aggiuntive.
quali strumenti usi?
BWA, SAMtools, GATK, FastQC e fastp.
Fornirai interpretazione?
L'interpretazione di base è inclusa nel pacchetto premium.
