Costruirò un albero filogenetico e analizzerò le tue sequenze di geni AMR
Analista di bioinformatica, specialista in AMR e filogenetica
Informazioni su questo servizio
Hai difficoltà a visualizzare le relazioni evolutive dei tuoi geni di resistenza antimicrobica (AMR)? Sono uno studente di Master in Biochimica e Biologia Molecolare con esperienza pratica in diagnostica molecolare per la salute pubblica. Combino la mia profonda conoscenza biologica con pipeline bioinformatiche automatizzate per offrirti un'analisi filogenetica pronta per la pubblicazione.
Ciò che farò per te:
- Recupero automatico delle sequenze da NCBI (o lavorare con i tuoi file FASTA forniti).
- Allineamento multiplo delle sequenze usando Clustal Omega.
- Costruzione dell'albero filogenetico (Neighbor-Joining) con 100 replicati bootstrap.
- Un rapporto PDF chiaro, di 1 pagina, che interpreta il significato biologico (ad esempio, evidenze di trasferimento genico orizzontale o espansione clonale).
Perché scegliermi?
Non clicco semplicemente sui pulsanti del software. Scrivo script Python (Biopython) che garantiscono che la tua analisi sia riproducibile e veloce. La mia esperienza di laboratorio in Antibiotic Susceptibility Testing (AST) e PCR significa che comprendo il contesto clinico dei tuoi geni di resistenza, non solo il codice.
Deliverables:
- Un'immagine ad alta risoluzione dell'albero.
- Il file FASTA allineato.
- Un rapporto PDF con metodologia completa e interpretazione.
Linguaggio di programmazione:
Python
Tecnologia:
Quaderno jupyter
Tipo di analisi:
analisi statistica
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Analisi predittiva
Expertise:
Algoritmi
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Statistiche
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Analisi dei cluster
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Altro
Strumenti:
Jamovi
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Google Colab
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Microsoft Excel

