Eseguirò docking e simulazioni avanzate di dinamica molecolare

Cerchi servizi di simulazione di dinamica molecolare (MD) e docking molecolare di livello esperto per il tuo progetto di ricerca, pubblicazione o ricerca di farmaci? Sei nel posto giusto!

Grazie alla mia profonda competenza in biologia computazionale e chimica, offro simulazioni MD complete e analisi avanzate utilizzando strumenti standard del settore come GROMACS, AMBER, BIO3D e altri.

Servizi che offro:

Docking molecolare:

• Docking proteina-ligando
• Analisi del punteggio di docking
• Visualizzazione della posa vincolante

Simulazione di dinamica molecolare (MDS): (Proteina-ligando, Proteina-proteina, Proteina-DNA/RNA)

• Pipeline MD completa
• Simulazioni fino a 2000 ns o più utilizzando GROMACS

Analisi post-MD:

• RMSD
• RMSF
• Rg
• SASA e SASA sepolto
• legame idrogeno
• Distanza del ligando proteico
• Analisi della struttura secondaria
• Analisi delle componenti principali (con Bio3D)
• FEL (Paesaggio energetico libero)
• DCCM
• Trame del porcospino
• Reti di movimento correlate e anti-correlate 3D
• MMGBSA e MMPBSA
• Analisi dell'energia di decomposizione per residuo
• Video MDS

Strumenti e software utilizzati:

GROMACS | AMBER | BIO3D | VMD | PyMOL | UCSF Chimera | AutoDock | MMGBSA/MMPBSA | MDAnalysis | Schrödinger |PyRx |BIOVIA Discovery Studio|XMGrace