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Eseguirò analisi deg e pathway in bulk rnaseq
Bioinformatics Genomics R Python ML e Scrittura Scientifica
Sono Saad, specialista in bioinformatica e biologia computazionale focalizzato su genomica delle piante, annotazione genomica, RNA-seq, analisi dei dati, R, Python e scrittura scientifica. Attraverso ...
Informazioni su questo servizio
Benvenuto nel mio GiG,
Se cerchi analisi di bulk RNA-seq accurate, ripetibili e pronte per la pubblicazione
Offro analisi personalizzate di dati trascrittomici per ricercatori, laboratori e professionisti della biotecnologia. Posso lavorare con matrici di conteggio raw o file FASTQ, a seconda del pacchetto scelto.
I servizi possono includere:
- Controllo qualità FASTQ e report MultiQC
- Taglio delle read, allineamento o quantificazione dei trascritti
- Generazione di conteggi a livello genico
- Normalizzazione, PCA e correlazione tra campioni
- Analisi di espressione differenziale
- Volcano plot, MA plot e heatmap
- Enrichment di Gene Ontology e pathway
- Figure pronte per la pubblicazione e tabelle di risultati
- Script R e rapporto di interpretazione chiaro
Utilizzo strumenti consolidati come FastQC, MultiQC, STAR, HISAT2, Salmon, DESeq2, edgeR e clusterProfiler su ambiente Linux.
Contattami prima di ordinare per file FASTQ raw, organismi non modello, progetti complessi o più di 12 campioni. I risultati dipendono dalla qualità dei dati e dal disegno sperimentale.
Il mio portfolio
FAQ
Traduzione automatica.
Accetti file FASTQ raw?
Sì. L'elaborazione FASTQ è inclusa nel pacchetto Premium o può essere fornita tramite un'offerta personalizzata. Inviami il numero di campioni, il tipo di sequenziamento e le dimensioni approssimative dei file prima di ordinare.
Puoi analizzare una matrice di conteggio esistente?
Sì. Fornisci la matrice di conteggio raw, i metadati dei campioni e le comparazioni che desideri eseguire.
Quali organismi puoi analizzare?
Posso analizzare dataset di piante, microbi, animali e umani quando sono disponibili genomi di riferimento, trascrittomi e risorse di annotazione adeguate.
Fornirai figure pronte per la pubblicazione?
Sì. Le figure possono essere consegnate in formato PNG, TIFF, PDF o SVG, in base al pacchetto scelto e alle esigenze di pubblicazione.
Fornirai il codice di analisi?
Gli script di analisi sono inclusi nei pacchetti Standard e Premium. Possono anche essere aggiunti al pacchetto Basic come extra.
Garantisci geni o pathway significativi?
No. I risultati dipendono dalla qualità dei campioni, dalla profondità di sequenziamento, dalla variazione biologica e dal disegno sperimentale. Fornisco analisi trasparenti senza manipolare o falsificare i risultati.
