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Eseguirò docking molecolare e screening virtuale per la scoperta di farmaci
Chimico computazionale, docking molecolare, GROMACS MD e QSAR ML
Ciao, sono Sareer Ahmad, un chimico computazionale e freelance in cheminformatica.
Ho un MSc in chimica fisica e lavoro come insegnante di chimica senior, oltre a sviluppare modelli di docking moleco...
Informazioni su questo servizio
Aiuto ricercatori, startup e studenti a trasformare una proteina target e un insieme di composti candidati in previsioni di binding classificate e difendibili.
Utilizzando AutoDock Vina, eseguo docking molecolare basato sulla struttura: preparazione di proteine e ligandi, configurazione della grid box intorno al sito di binding, esecuzioni di docking e visualizzazione delle pose di binding in PyMOL. Per set di composti più grandi, eseguo screening virtuale batch e restituisco una tabella di affinità di binding classificata, così puoi prioritizzare quali molecole perseguire sperimentalmente.
Il mio background è in chimica computazionale e fisica (MSc, Chimica Fisica), con esperienza pratica in studi di docking e dinamica molecolare, incluso un workflow di docking e MD su EGFR. Lavoro anche con GROMACS per la validazione MD, così un risultato di docking può essere seguito da una breve simulazione per verificare la stabilità della pose.
Cosa ottieni: un riassunto chiaro dei metodi, immagini delle pose di binding, una tabella di risultati classificata per lavori multi-ligando e comunicazione onesta — ti dirò chiaramente se il tuo target o set di ligandi ha limitazioni note invece di promettere risultati che il docking da solo non può garantire.
Contattami con il tuo proteina (ID PDB o file di struttura) e ligando(i) prima di ordinare.
Dominio:
Machine Learning
•
Altro
Expertise:
Analisi predittiva
Linguaggio di programmazione:
Python
•
R
Strumenti:
Quaderno jupyter
Tecnologia:
Python
•
scikit-learn
•
Quaderno jupyter
Il mio portfolio
FAQ
Traduzione automatica.
Di quali file ho bisogno per iniziare?
Idealmente, una struttura di proteina (ID PDB o file .pdb) e il tuo/i ligando/i come SMILES, .sdf o .mol2. Se hai solo una sequenza proteica, contattami prima e ti dirò se è necessario fare modellazione per omologia.
Il docking da solo può confermare che un composto funzionerà?
No, e non ti dirò il contrario. Il docking fornisce una pose di binding prevista e un punteggio per aiutarti a prioritizzare i candidati. Per prove più solide, aggiungi il breve run di validazione MD del pacchetto Premium per verificare la stabilità della pose.
