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Eseguirò simulazioni di dinamica molecolare accelerate da GPU per te
Il tuo esperto di biologia computazionale per tutte le tue esigenze di ricerca
Ciao e benvenuto!
Sono un laureato in Biotecnologie con specializzazione in Biologia Computazionale. La mia esperienza spazia dal docking molecolare, simulazioni MD, transcriptomics, scoperta di biom...
Informazioni su questo servizio
Benvenuto nel mio servizio di simulazioni di dinamica molecolare!
Eseguo simulazioni MD accelerate da GPU per ricercatori, studenti e team biotech che hanno bisogno di dati di simulazione affidabili senza accesso a infrastrutture di calcolo ad alte prestazioni.
Ciò che offro:
- Pipeline completa di simulazione: Da input grezzo PDB o SMILES, mi occupo della preparazione del sistema, solvation, ionizzazione, minimizzazione dell'energia, equilibration NVT/NPT e run di MD di produzione.
- Software & forcefield: GROMACS e AMBER, con CHARMM36m, AMBER ff19SB, GROMOS e OPLS-AA. Sistemi proteici, acidi nucleici, RNA/proteine, membrane e ligandi gestiti tutti.
- Analisi post-simulazione: RMSD, RMSF, Rg, H-bond, PCA, MM/PBSA, MM/GBSA e altro a seconda del pacchetto.
- Figure pronte per pubblicazione: grafici ad alta risoluzione e visualizzazioni molecolari con PyMOL, VMD e R/ggplot2.
- Addon personalizzati: simulazioni coarse-grained (CG) e analisi QM/MM (ORCA-GROMACS) disponibili su richiesta.
Contattami prima di ordinare se hai un sistema grande o requisiti specifici di simulazione. Sono felice di collaborare. Lavoriamo insieme per far avanzare la tua ricerca!
FAQ
Traduzione automatica.
Quali file di input devo fornire?
Un file di struttura proteica (PDB o mmCIF) e, se applicabile, il tuo ligando in formato SDF, MOL2 o SMILES. Se hai solo un ID UniProt o codice PDB, posso recuperare e preparare io la struttura.
Quali software e forcefield usi?
GROMACS e AMBER. Forcefield: CHARMM36m, AMBER ff19SB, GROMOS96 e OPLS-AA. Modelli di acqua: TIP3P e SPC/E. Se hai requisiti specifici, menzionalo prima di ordinare.
Quali tipi di sistemi puoi simulare?
Complessi proteina-ligando, proteina-proteina, RNA/DNA-proteine, proteine di membrana e sistemi di acidi nucleici standalone. Per sistemi insoliti, contattami prima per confermare la fattibilità.
Quanto tempo richiederà la mia simulazione?
Dipende dalla dimensione del sistema e dalla durata della simulazione. Un run di 100ns di solito si consegna in 2-3 giorni, 300ns in 4-5 giorni e oltre 500ns in 7 giorni.
Quale infrastruttura di calcolo usi per le simulazioni?
Eseguo simulazioni su server GPU ad alte prestazioni, inclusi nodi RTX 4090 e RTX 5090. Su un 5090, un sistema con oltre 100k atomi gira a circa 250-300ns/giorno, garantendo tempi rapidi senza compromettere la qualità della simulazione.
Puoi eseguire simulazioni coarse-grained o QM/MM?
Sì, entrambe sono disponibili come addon personalizzati. Le simulazioni CG usano il forcefield MARTINI. QM/MM si esegue tramite ORCA collegato a GROMACS. Contattami per discutere scope e prezzi prima di ordinare.
I miei dati sono riservati?
Sì. Non condivido strutture, sequenze o risultati dei clienti con nessuno e sono disponibile a firmare un NDA se richiesto.
