Analizzerò i tuoi dati microbioma 16s usando qiime2 bioinformatics

Tipi di analisi:

ANALISI BASE:

• Controllo della qualità dei dati.
• Denoising e clustering (ASV).
• Classificazione tassonomica.
• Abbondanza relativa.
• Albero filogenetico.

ANALISI STANDARD:

Analisi base +

• Curve di rarefazione.
• Analisi della diversità alpha: indice di Shannon, caratteristiche osservate, diversità filogenetica di Faith, equità di Pielou.
• Analisi della diversità beta: distanza di Jaccard, distanza di Bray-Curtis, distanza di unweighted UniFrac, distanza di weighted UniFrac.
• Metodi di ordinamento: Principal Coordinates Analysis (PCoA), Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP).
• Test di abbondanza differenziale con ANCOM-BC.
• Test di significatività statistica: Kruskal-Wallis, PERMANOVA (ADONIS), ANOSIM, PERMDISP.

ANALISI PREMIUM:

Analisi standard +

• Reazioni enzimatiche (EC).
• Geni (KO / KEGG Orthology).
• Percorsi metabolici (MetaCyc).
• Analisi comparativa.

Note:

*I pacchetti Standard e Premium richiedono informazioni sul gruppo sperimentale e almeno 3 replicati biologici per gruppo per eseguire analisi di diversità e statistiche.

*Il prezzo indicato è per campione. Sono disponibili sconti per progetti con più campioni.