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Farò analisi bioinformatica di rna seq, wgs, wes e ngs
Specialista in bioinformatica e biologia computazionale
Hai bisogno di analisi bioinformatica o computazionale affidabile per la tua ricerca?
Sono un ricercatore di MS in Bioinformatica presso NUST, specializzato in genomica, scoperta di farmaci computazi...
Informazioni su questo servizio
Hai dati RNA-seq, NGS, WGS o WES ma hai bisogno di un workflow bioinformatico chiaro e riproducibile?
Offro analisi professionali di dati bioinformatici e genomici per ricercatori, studenti e team di ricerca, dal dato di sequenziamento grezzo all'interpretazione biologica significativa.
I MIEI SERVIZI INCLUDONO
- Analisi di dati RNA-seq e NGS
- Controllo qualità FASTQ e preprocessing
- Taglio e filtraggio delle reads
- Allineamento e quantificazione
- Analisi dell'espressione genica
- Analisi di espressione differenziale
- PCA, heatmap e volcano plot
- Analisi di dati WGS e WES
- Chiamata di varianti, filtraggio e annotazione
- Analisi di transcriptomics
- Arricchimento GO e KEGG
- GSEA e analisi di pathway
- Analisi statistica e visualizzazione
- Dataset pubblici come GEO e TCGA
- Pipeline bioinformatiche riproducibili
- Figure e tabelle di qualità pubblicabile
STRUMENTI
Python | R | Linux | FastQC | MultiQC | STAR | HISAT2 | BWA | SAMtools | featureCounts | DESeq2 | GATK | bcftools e altri strumenti bioinformatici specifici del progetto.
Inviami il tuo obiettivo di ricerca e i dati disponibili, e ti aiuterò a determinare il workflow di analisi più adatto.
FAQ
Traduzione automatica.
Quali tipi di dati di sequenziamento puoi analizzare?
Posso lavorare con dataset RNA-seq, WGS, WES e altri NGS. A seconda del progetto, posso partire da file FASTQ grezzi, file BAM, matrici di conteggio, file VCF o dati genomici processati.
Puoi partire da file FASTQ grezzi?
Sì. Posso partire da file di sequenziamento grezzi e eseguire controllo qualità, preprocessing, allineamento o quantificazione e analisi downstream appropriate.
Fai analisi di espressione differenziale di RNA-seq?
Sì. Il workflow può includere generazione di conteggi, normalizzazione, espressione differenziale, PCA, heatmap, volcano plot e interpretazione biologica.
Fai analisi di WGS e WES?
Sì. A seconda del progetto, l'analisi di WGS/WES può includere QC, allineamento, elaborazione BAM, chiamata di varianti, filtraggio, elaborazione VCF e annotazione.
Puoi eseguire arricchimento GO, KEGG e pathway?
Sì. L'arricchimento funzionale può includere GO, KEGG, GSEA o altri analisi di pathway appropriate a seconda dell'organismo e degli identificatori genici disponibili.
Quali strumenti usi?
Gli strumenti sono scelti in base al dataset e al disegno dello studio. Strumenti comuni includono FastQC, MultiQC, STAR, HISAT2, BWA, SAMtools, featureCounts, DESeq2, GATK e bcftools, insieme a Python, R e Linux.
