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Eseguirò il docking molecolare e la simulazione MD
Specialista in bioinformatica e biologia computazionale
Hai bisogno di analisi bioinformatica o computazionale affidabile per la tua ricerca?
Sono un ricercatore di MS in Bioinformatica presso NUST, specializzato in genomica, scoperta di farmaci computazi...
Informazioni su questo servizio
Cerchi un servizio affidabile di docking molecolare e simulazioni di dinamica molecolare per la tua ricerca nel campo dei farmaci?
Offro analisi complete di scoperta di farmaci tramite calcolo, dalla preparazione di proteine e ligandi fino al docking molecolare, analisi delle interazioni proteina-ligando e simulazioni di dinamica molecolare con GROMACS.
I MIEI SERVIZI INCLUDONO
- Preparazione di proteine e ligandi
- Docking molecolare proteina-ligando
- Docking con AutoDock Vina e strumenti correlati
- Analisi dell'affinità di binding e punteggi di docking
- Valutazione delle pose di docking
- Analisi delle interazioni proteina-ligando 2D e 3D
- Analisi del sito di binding e residui interagenti
- Screening virtuale di librerie di composti
- Classifica comparativa dei ligandi
- Analisi della drug-likeness
- Predizione di ADMET e tossicità
- Simulazioni di dinamica molecolare con GROMACS
- Analisi RMSD
- Analisi RMSF
- Raggio di gyration (Rg)
- Analisi SASA
- Analisi dei legami idrogeno
- PCA e analisi delle traiettorie quando necessario
- Analisi del free-energy di binding MM-PBSA quando applicabile
- Figure e tabelle di risultati di qualità pubblicabile
STRUMENTI
GROMACS | AutoDock Vina | PyMOL | Chimera/ChimeraX | Discovery Studio | SwissADME | Python | strumenti correlati di scoperta di farmaci tramite calcolo
Tipo di servizio:
Ricerca
Lingua:
Inglese
Preferenza per lo stile di consegna
Informa il freelance di eventuali preferenze o preoccupazioni relative all'uso di strumenti di IA nel completamento e/o nella consegna dell'ordine.
Che qualcuno svolga del lavoro accademico al posto tuo non è etico perché viola i codici d'onore della maggior parte degli istituti.
Chiedere ai freelance di preparare i compiti/i lavori accademici per tuo conto è contrario agli Standard della community e potrebbe portare alla disattivazione del tuo account.
FAQ
Traduzione automatica.
Quali informazioni ti servono per iniziare il docking molecolare?
Fornisci la struttura della proteina target o l'ID PDB, le strutture dei ligandi o nomi/ID dei composti, il tuo obiettivo di ricerca e, se conosci, il sito di binding previsto. Se il sito di binding non è noto, menzionalo prima di ordinare così possiamo discutere il workflow appropriato.
Quale software usi per il docking molecolare?
A seconda del progetto, posso usare AutoDock Vina e strumenti correlati per la preparazione di proteine e ligandi. PyMOL, Chimera/ChimeraX, Discovery Studio e software simili possono essere usati per visualizzazione molecolare e analisi delle interazioni.
Esegui simulazioni di dinamica molecolare?
Sì. Eseguo simulazioni di dinamica molecolare con GROMACS con analisi come RMSD, RMSF, raggio di gyration, SASA e legami idrogeno. Possono essere incluse analisi di traiettoria aggiuntive a seconda dell'obiettivo di ricerca.
Puoi eseguire simulazioni MD di 50 ns o 100 ns?
Sì. Le simulazioni MD possono essere eseguite per durate diverse a seconda del sistema molecolare e dell'obiettivo dello studio. Contattami prima di ordinare simulazioni più lunghe come 100 ns o superiori, così possiamo valutare i requisiti computazionali.
Esegui analisi del free-energy di binding MM-PBSA?
Sì. L'analisi MM-PBSA o analisi correlate del free-energy di binding può essere inclusa quando appropriato per il sistema molecolare e il workflow di simulazione.
Puoi eseguire screening virtuale?
Sì. Posso eseguire screening virtuale contro una proteina target. Le librerie di composti di grandi dimensioni devono essere discusse prima di ordinare, poiché i prezzi e le consegne dipendono dal numero di composti, target e analisi successive richieste.
