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Eseguirò la simulazione di dinamica molecolare con gromacs per la tua proteina
Bioinformatica e chimica computazionale, progettazione di vaccini, simulazioni MD, DFT
Aiuto studenti e ricercatori a ottenere risultati chiari e difendibili da progettazione di vaccini, simulazioni di dinamica molecolare, calcoli DFT e predizione di strutture proteiche — senza dover fa...
Informazioni su questo servizio
Eseguo simulazioni complete di dinamica molecolare usando GROMACS in un ambiente Linux, comprensive di minimizzazione dell'energia, equilibration NVT/NPT, run di produzione e analisi strutturale post-simulazione con tutti i risultati illustrati e spiegati.
Posso aiutarti:
- Preparare e minimizzare la tua struttura proteica (file PDB)
- Eseguire l'equilibration NVT e NPT con grafici di temperatura/pressione/densità
- Eseguire una simulazione di produzione
- Calcolare RMSD (stabilità strutturale nel tempo)
- Calcolare RMSF (flessibilità per residuo)
- Calcolare il raggio di gyration (compattezza del proteina)
- Fornire un riassunto scritto che interpreti cosa significano i risultati per la stabilità del tuo proteina
Ideale per studenti che hanno bisogno di una simulazione MD completa con analisi strutturale accurata per una tesi, un compito o un progetto di ricerca, non solo output grezzo, ma una spiegazione chiara di cosa mostra.
Tecnologia:
Google Analytics
•
Google Data Studio
Tipo di analisi:
Analisi descrittiva
•
Analisi predittiva
Expertise:
Predizione
•
probabilità
•
matematica
Linguaggio di programmazione:
Python
Il mio portfolio
FAQ
Traduzione automatica.
Quali formati di file devo fornire?
Un file PDB della tua struttura proteica (o la sequenza grezza se ancora non ne hai uno — posso aiutarti a generare una struttura prima).
Quanto dura la simulazione di produzione?
Le esecuzioni standard sono simulazioni brevi (adatte per controlli iniziali di stabilità). Se hai bisogno di esecuzioni di produzione più lunghe (diversi nanosecondi), contattami prima di ordinare così posso darti un preventivo preciso su tempi e costi.
Quale software utilizzi?
GROMACS su Linux, con grafici di analisi generati usando Grace (xmgrace).
Capirò i risultati anche se non sono esperto di MD simulations?
Sì — ogni servizio include una spiegazione semplice di cosa significano i grafici e le analisi per la stabilità della tua proteina, non solo file grezzi.
