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Analizzerò i dati di sequenziamento fastq e eseguirò il controllo qualità NGS
Ingegnere di bioinformatica e AI
Sono un Ingegnere di bioinformatica e AI/ML specializzato in analisi di dati biologici con Python, workflow genomici e machine learning biomedicale. Costruisco pipeline riproducibili per analisi FASTA...
Informazioni su questo servizio
Analizzerò i tuoi dati di sequenziamento FASTQ e eseguirò il controllo qualità NGS utilizzando un workflow bioinformatico riproducibile.
L'analisi può includere:
Conteggio delle read e delle basi
Statistica sulla lunghezza delle read
Analisi GC% e N%
Punteggi di qualità Phred
Metriche Q20 e Q30
Analisi della qualità per posizione
Distribuzioni di GC e lunghezza delle read
Confronto tra qualità raw e processata
Visualizzazioni QC e riepilogo chiaro dei risultati
Posso lavorare con file FASTQ/FASTQ.GZ paired-end e fornire output organizzati facili da interpretare e riutilizzare.
Questo servizio è adatto per progetti di ricerca, lavori accademici, analisi di dati genomici e valutazioni preliminari dei dati NGS.
Per favore, fornisci i tuoi file FASTQ e qualsiasi informazione sul campione prima di ordinare, così posso confermare che l'analisi richiesta si adatta al pacchetto scelto.
Linguaggio di programmazione:
Python
•
SQL
•
Colab
•
NoSQL
Strumenti:
Quaderno jupyter
•
opencv
•
tensorflow
•
Excel
FAQ
Traduzione automatica.
Di che tipo di file di sequenziamento hai bisogno?
Lavoro principalmente con file FASTQ o FASTQ.GZ. Per il sequenziamento paired-end, fornisci entrambi i file R1 e R2. Fornisci anche eventuali informazioni sul campione, piattaforma di sequenziamento e contesto sperimentale.
Analizzi dati FASTQ paired-end?
Sì. Il servizio supporta dati FASTQ paired-end quando vengono forniti sia i file forward (R1) che i file reverse (R2). Il pacchetto scelto determina il numero di dataset inclusi.
Quali metriche di qualità analizzerai?
A seconda del pacchetto scelto, l'analisi può includere conteggio delle read e delle basi, lunghezza delle read, GC%, N%, punteggi di qualità Phred, Q20/Q30, qualità per posizione, distribuzione di GC, distribuzione della lunghezza delle read e confronti raw vs. processato.
Puoi eseguire trimming di adattatori e qualità?
Sì, quando il preprocessing è incluso nel pacchetto scelto. Il workflow di trimming specifico e i parametri dipenderanno dai dati di sequenziamento e dai requisiti del progetto.
Riceverò i risultati dell'analisi e le visualizzazioni?
Sì. I risultati sono forniti come output di analisi organizzati con tabelle rilevanti, metriche di qualità, visualizzazioni e una breve interpretazione della qualità del sequenziamento osservata.
Puoi analizzare i miei dati prima di effettuare un ordine?
Sì. Contattami prima con i dettagli del file FASTQ, la dimensione del dataset, il layout di sequenziamento e l'analisi di cui hai bisogno. Posso confermare il pacchetto e l'ambito appropriati prima che tu ordini.
Puoi lavorare con file FASTQ.GZ?
Sì. Sono supportati file FASTQ compressi (.fastq.gz).
Puoi fornire un workflow bioinformatico personalizzato?
Sì, per requisiti al di fuori dei pacchetti elencati, contattami con i tuoi requisiti di workflow e i dettagli del dataset. Possiamo discutere di un ambito personalizzato e fornirti un'offerta adeguata.
