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Analizzerò i dati rnaseq dal raw reads all'arricchimento funzionale
Bioinformatico e Ricercatore PhD
Ciao! Ho un MSc in Bioinformatics e sono attualmente un dottorando e ricercatore dedicato a genomica e biologia molecolare. Ho vasta esperienza nella gestione di dati biologici su larga scala, nella c...
Informazioni su questo servizio
Benvenuto nel mio servizio di Bioinformatics & RNA-Seq!
Hai bisogno di un'analisi rigorosa, pronta per la pubblicazione, per i tuoi dati RNA-Seq di Illumina? Come MSc in Bioinformatics e attuale dottorando, offro un'elaborazione completa su misura per la tua ricerca. Trasformo file FASTQ raw o matrici di conteggio in risultati chiari e riproducibili.
Cosa offro:
- Controllo qualità: FastQC e trimming delle reads.
- Allineamento: Mappatura accurata al genoma di riferimento.
- Espressione differenziale (DEGs): Analisi statistica con DESeq2.
- Arricchimento funzionale: Percorsi GO e KEGG tramite clusterProfiler.
- Grafici pronti per la pubblicazione: Heatmap ad alta risoluzione, Volcano Plot, PCA e reti.
Strumenti: R, Python e pacchetti Bioconductor.
⭐ Perché scegliermi?
- Rigoroso accademico: Ricercatore attivo che sviluppa pipeline affidabili.
- Riproducibilità: Script puliti pronti per la sezione metodi.
- Focus biologico: Dedizione alla tua domanda di ricerca specifica.
️ IMPORTANTE: Ti prego di inviarmi un messaggio PRIMA di ordinare! Dobbiamo discutere il tuo design sperimentale e la dimensione del campione per garantire l'offerta personalizzata migliore. Facciamo pubblicare il tuo articolo!
Dominio:
Machine Learning
Linguaggio di programmazione:
Python
•
R
Strumenti:
Quaderno jupyter
•
Excel
•
Colab
•
Altro
Tecnologia:
Python
•
R
•
scikit-learn
•
Quaderno jupyter
•
Pandas
•
RStudio
FAQ
Traduzione automatica.
Che tipo di file devo fornire per iniziare l'ordine?
Dipende dal pacchetto scelto. Per il pacchetto di base, ho bisogno dei tuoi raw reads di sequenziamento (file FASTQ). Per i pacchetti Standard e Premium, se hai già eseguito l'allineamento, puoi fornire la matrice di conteggio raw (.csv, .tsv o .txt).
Quanti campioni sono inclusi nel prezzo base?
I prezzi di base per tutti i pacchetti coprono un'analisi fino a 6 campioni (ad esempio, 3 campioni di controllo vs. 3 di trattamento). Se il tuo design sperimentale include più campioni, contattami per un'offerta personalizzata, poiché il tempo di elaborazione aumenterà.
Puoi analizzare dati da organismi non modello?
Sì! A condizione che ci sia un genoma di riferimento annotato e un file GTF/GFF disponibile nei database pubblici (come NCBI o Ensembl), posso eseguire l'analisi. Contattami prima di ordinare per verificare la disponibilità del genoma di riferimento per il tuo organismo.
Riceverò gli script usati per la mia analisi?
Sì! Se scegli il pacchetto Premium, ti fornirò gli script R o Python puliti e commentati usati per generare i tuoi risultati. Questo garantisce completa trasparenza e riproducibilità, facilitandoti la scrittura della sezione metodologia.
Cosa succede se ho bisogno di un grafico molto specifico o altamente personalizzato per il mio articolo?
I pacchetti Standard e Premium includono già grafici di alta qualità e standard (come PCA, Volcano Plot e Heatmap standard). Tuttavia, se hai bisogno di una figura altamente specifica o personalizzata (come reti di interazione complesse o temi personalizzati), puoi aggiungere l'opzione "Extra Custom Plot" wh
Come ti invio i miei grandi file di dati (FASTQ)?
Fiverr ha un limite di dimensione file per upload diretto. Per file di sequenziamento di grandi dimensioni, puoi condividere un link sicuro tramite Google Drive, Dropbox, OneDrive o direttamente dai server/repository di sequenziamento (come SRA/ENA), e io li scaricherò in modo sicuro.
