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Eseguirò analisi di dge di rna microbial usando deseq2 e snakemake
Ricercatore in Biotecnologia: Genomica Microbica e Bioinformatica
Ricercatore in Biotecnologia & Microbiologia con oltre 4 anni di esperienza in genomica computazionale.
Il mio lavoro è pubblicato su riviste peer-reviewed (vedi la sezione 'Certificazioni').
Costr...
Informazioni su questo servizio
Benvenuto! Come ricercatore PhD in Biotecnologia & Microbiologia, offro analisi di livello esperto per dati di Microbial RNA-Seq.
Non mi limito a eseguire codice; sono un ricercatore pubblicato che comprende la scienza dietro ai tuoi risultati. La mia specialità è Differential Gene Expression (DGE) e l'identificazione dei geni chiave up/down-regolati per il tuo studio.
### Cosa offre questo servizio (RNA-Seq DGE)
Propongo tre livelli di analisi basati sul mio pipeline collaudato (FastQC, HISAT2, featureCounts, DESeq2). (Consulta le FAQ sotto riguardo al numero di campioni!).
* Base (Il "Dati"):
Eseguirò l'intera pipeline fino a Read Counts (Step 04). Questo pacchetto è perfetto per ricercatori che usano R/Python e hanno bisogno solo del Counts Matrix finale.
* Standard (L""Analisi"):
Questo è l'intero Analisi DGE (Step 05). Ricevi tutto nel pacchetto Base, più tutte le visualizzazioni chiave: Volcano Plot, PCA Plot e Heatmap.
* Premium (L""Insight PhD"):
Il pacchetto completo pronto per pubblicazione. Ricevi tutto nello Standard, più: un rapporto PDF completo con la mia Interpretazione Biologica esperta (il "perché") e il Jupyter Notebook riproducibile usato per la tua analisi.
**Contattami prima di ordinare per discutere del tuo progetto.
Linguaggio di programmazione:
Python
•
R
•
SPSS
Tecnologia:
Jupyter Notebook
Expertise:
Analisi dei cluster
Strumenti:
Pandas
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FAQ
Traduzione automatica.
I prezzi del pacchetto non menzionano il numero di campioni. Perché?
I prezzi dei pacchetti ($30, $50, $80) sono una base per piccoli progetti pilota (ad esempio, 1-3 campioni). Per coorti più grandi (4, 6 o 20+ campioni), contattami. Discuteremo i tuoi obiettivi e ti invierò un'offerta personalizzata precisa.
Perché dovrei scegliere il pacchetto Premium? Qual è il valore?
Il Premium è il mio servizio "Insight" a livello di dottorato. Non fornisco solo una lista di geni; offro un rapporto PDF completo con <strong>Interpretazione Biologica</strong> (il "<strong>perché</strong>"). Ricevi anche lo <strong>script Jupyter riproducibile</strong> per la tua pubblicazione.
Cosa ti serve da me per iniziare?
Ho bisogno di 3 cose: 1. I tuoi file FASTQ raw (R1 & R2). 2. Il genoma di riferimento (FASTA) e i file di annotazione (GFF/GTF). 3. Il tuo file di metadati (ad esempio, quali campioni sono 'Controllo' vs 'Trattato').
