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Eseguirò WGS batterici e analisi comparativa del genoma
Co-fondatore di The Freelance Bubble
Come co-fondatore di The Freelance Bubble, lavoro con un team multidisciplinare di oltre 23 studiosi con dottorato che fornisce supporto di ricerca e tecnico di alta qualità. Sono un biotecnologo dive...
Livello 2
Ha soddisfatto criteri di prestazioni elevate e ha una comprovata esperienza nel soddisfare le aspettative dei clienti.
Informazioni su questo servizio
Presso The Freelance Bubble, offriamo servizi professionali di sequenziamento completo del genoma batterico (WGS) e analisi comparativa del genoma per ricercatori, laboratori e team accademici che lavorano con genomi microbici.
I nostri servizi possono includere:
- Controllo qualità e trimming dei raw FASTQ
- Assemblaggio di nuovo genoma
- Valutazione della qualità dell'assemblaggio
- Annotazione del genoma
- Conferma della specie e MLST
- Profilazione dei geni di resistenza antimicrobica
- Screening dei fattori di virulenza
- Rilevamento di plasmidi
- Analisi di ANI e similarità del genoma
- Analisi comparativa SNP
- Analisi del core-genoma e filogenetica
- Analisi pan-genomica
- Profilazione di geni core, accessori e unici
- Genomica comparativa tra più isolati
- Figure e tabelle pronte per pubblicazione
Utilizziamo strumenti bioinformatici consolidati come FastQC, fastp, SPAdes, QUAST, Bakta/Prokka, MLST, AMRFinderPlus, Abricate, FastANI, Snippy, IQ-TREE, Panaroo/Roary e workflow correlati quando appropriato.
Le consegne possono includere genomi annotati, alberi filogenetici, grafici comparativi, riassunti di AMR/virulenza, script e interpretazioni.
Contattaci prima di ordinare per grandi collezioni di isolati, dataset raw FASTQ, progetti pan-genomici o workflow personalizzati di genomica comparativa.
Il mio portfolio
FAQ
Traduzione automatica.
Che tipo di dati di sequenziamento batterico puoi analizzare?
Posso lavorare con raw reads FASTQ, genomi assemblati, genomi annotati o dataset di genomi batterici disponibili pubblicamente.
Puoi analizzare i file FASTQ raw?
Sì. La lavorazione dei raw reads può includere controllo qualità, trimming, assemblaggio de novo, valutazione dell'assemblaggio e analisi genomica successiva.
Quali analisi sono incluse nel WGS batterico?
A seconda del pacchetto, le analisi possono includere assemblaggio, annotazione, MLST, geni di resistenza, fattori di virulenza, plasmidi, ANI, analisi SNP, filogenesi e genomica comparativa.
Puoi eseguire analisi di pan-genoma?
Sì. L'analisi di pan-genoma può includere profilazione di geni core, accessori e unici, clustering, visualizzazione comparativa e interpretazione.
Puoi identificare geni di resistenza antimicrobica?
Sì. La profilazione di AMR può essere eseguita usando database e strumenti consolidati come AMRFinderPlus, workflow compatibili con CARD o risorse correlate quando appropriato.
Puoi eseguire analisi filogenetiche?
Sì. Posso eseguire analisi filogenetiche basate su SNP o sul genoma core e fornire alberi filogenetici pronti per pubblicazione.
Puoi confrontare più isolati o ceppi batterici?
Sì. La genomica comparativa può includere ANI, confronto del contenuto genico, analisi SNP, pan-genomica, confronto di AMR/virulenza e relazioni filogenetiche.
Riceverò figure e tabelle pronte per pubblicazione?
Sì. A seconda del pacchetto scelto, le consegne possono includere alberi filogenetici, grafici comparativi, heatmap, riassunti genomici e tabelle pronte per manoscritti.
Fornirai script e file di analisi?
Sì. Possono essere forniti script riproducibili, output intermedi e file di analisi rilevanti quando applicabile.
Devo contattarti prima di ordinare?
Sì. Contattaci prima per grandi collezioni di isolati, dataset di sequenziamento raw, progetti di pan-genoma, specie batteriche insolite o pipeline personalizzate, così possiamo confermare l'ambito e i tempi di consegna.
