Analizzerò dati di sequenziamento genomico con strumenti di bioinformatica

Contattami prima di effettuare un ordine così possiamo confermare l'ambito del progetto, le opzioni di trasferimento dei dati e le aspettative di consegna.

Offro analisi di dati genomici di WGS prokaryotici su misura per le tue esigenze di ricerca.

Con competenze in genomica e bioinformatica, progetterò ed eseguirò pipeline personalizzate per fornire risultati precisi e pronti per la pubblicazione.

Servizi che offro

• Controllo qualità e preprocessing dei file FASTQ
• Mapping delle reads ai genomi di riferimento (WGS)
• Assemblaggio de novo per progetti senza un genoma di riferimento adatto
• Chiamata di varianti e annotazione (SNPs, indels)
• Classificazione metagenomica e profilazione microbica
• Genomica comparativa e generazione di report personalizzati

️ Strumenti e competenze

• Interfaccia a riga di comando (CLI) per esecuzione interattiva e risoluzione dei problemi dei workflow di bioinformatica
• Scripting Bash per automazione, pipeline riproducibili e processamento ad alta velocità
• Ambienti HPC per analisi genomiche su larga scala: AWS
• Strumenti di bioinformatica: BWA, SAMtools, BCFtools, FastQC, Roary, Prokka, RAxML
• Banche dati di riferimento: NCBI, GenBank, CARD, VFDB

Ciò che devi fornire:

• Dati di sequenziamento grezzi (file FASTQ, compressi se grandi)
• Genoma di riferimento