Eseguirò analisi di espressione differenziale rnaseq sul tuo dataset

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Zambia

Parlo Inglese

Sviluppatore di pipeline bioinformatiche

Costruisco pipeline bioinformatiche riproducibili per l'analisi di dati NGS, specializzandomi in espressione differenziale RNA-seq e genomica del cancro. Progetto recente: pipeline RNA-seq sul datase...
Informazioni su questo servizio
<p Sei un ricercatore o uno scienziato con dati RNA-seq

che ha bisogno di un'analisi professionale?


Analizzerò il tuo dataset RNA-seq e identificherò

i geni differenzialmente espressi usando DESeq2, fornendo

risultati pronti per la pubblicazione.


COSA OFFRO:

- Allineamento al genoma di riferimento usando HISAT2

- Analisi di espressione differenziale con DESeq2

- Volcano plot e heatmap dei top DEGs

- Report completo in HTML

- Script R e Python puliti e documentati

LE CONSEGNE INCLUDONO:

- Risultati di espressione differenziale con DESeq2

- Analisi di arricchimento GO sui processi biologici

- Analisi delle vie di Reactome con percorsi clinici

- figure pronte per la pubblicazione

- Report completo in HTML

LA MIA ESPERIENZA:

Ho creato una pipeline completa per RNA-seq analizzando dati genomici di

cancro al seno reali dal dataset NCBI PRJNA432903. Ho identificato 2298 DEGs significativi con

PC1 che spiega l'86% della varianza.


COSA HO BISOGNO DA TE:

- File FASTQ grezzi o matrice di conteggio pre-elaborata

- Genoma di riferimento o nome dell'organismo

- Condizioni sperimentali e informazioni sui campioni


STRUMENTI UTILIZZATI:

R, DESeq2, HISAT2, featureCounts, Python, Bash,

Git, Linux, ggplot2, EnhancedVolcano


Ordina ora e ricevi risultati bioinformatici accurati e riproducibili

consegnati entro

Expertise:

Analisi predittiva

Linguaggio di programmazione:

Python

R

Framework:

Panda

Strumenti:

Quaderno jupyter

Colab

RStudio