Eseguirò analisi di espressione differenziale rnaseq sul tuo dataset
Sviluppatore di pipeline bioinformatiche
Informazioni su questo servizio
che ha bisogno di un'analisi professionale?
Analizzerò il tuo dataset RNA-seq e identificherò
i geni differenzialmente espressi usando DESeq2, fornendo
risultati pronti per la pubblicazione.
COSA OFFRO:
- Allineamento al genoma di riferimento usando HISAT2
- Analisi di espressione differenziale con DESeq2
- Volcano plot e heatmap dei top DEGs
- Report completo in HTML
- Script R e Python puliti e documentati
LE CONSEGNE INCLUDONO:
- Risultati di espressione differenziale con DESeq2
- Analisi di arricchimento GO sui processi biologici
- Analisi delle vie di Reactome con percorsi clinici
- figure pronte per la pubblicazione
- Report completo in HTML
LA MIA ESPERIENZA:
Ho creato una pipeline completa per RNA-seq analizzando dati genomici di
cancro al seno reali dal dataset NCBI PRJNA432903. Ho identificato 2298 DEGs significativi con
PC1 che spiega l'86% della varianza.
COSA HO BISOGNO DA TE:
- File FASTQ grezzi o matrice di conteggio pre-elaborata
- Genoma di riferimento o nome dell'organismo
- Condizioni sperimentali e informazioni sui campioni
STRUMENTI UTILIZZATI:
R, DESeq2, HISAT2, featureCounts, Python, Bash,
Git, Linux, ggplot2, EnhancedVolcano
Ordina ora e ricevi risultati bioinformatici accurati e riproducibili
consegnati entro
Expertise:
Analisi predittiva
Linguaggio di programmazione:
Python
•
R
Framework:
Panda
Strumenti:
Quaderno jupyter
•
Colab
•
RStudio

