Eseguirò analisi di single cell rna seq e annotazione del tipo cellulare

Hai dati di single-cell RNA-seq che necessitano di

analisi professionale e identificazione del tipo cellulare?

Analizzerò il tuo dataset scRNA-seq usando Seurat

e consegnerò un'annotazione completa del tipo cellulare con

visualizzazioni pronte per la pubblicazione.

COSA OTTIENI:

- Controllo qualità e filtraggio delle cellule di bassa qualità

- Normalizzazione e scaling

- Riduzione della dimensionalità con PCA

- Clustering basato su grafi

- Visualizzazione UMAP

- Identificazione di geni marcatori per cluster

- Annotazione biologica del tipo cellulare

- Relazione completa dell'analisi

LA MIA ESPERIENZA:

Ho analizzato 2.700 PBMC umani identificando 9 popolazioni cellulari diverse

tra cui T, B, NK, monociti, cellule dendritiche e piastrine usando Seurat.

Pipeline completa disponibile su GitHub.

COSA HO BISOGNO DA TE:

- File di output di 10X Genomics (barcodes, features, matrix)

 O matrice di conteggio processata

- Nome dell'organismo (umano, topo, ecc.)

- Qualsiasi informazione biologica nota sul tuo campione

STRUMENTI: R, Seurat, ggplot2, dplyr, UMAP,

    PCA, Git, Linux

Contattami prima di ordinare per discutere

il tuo dataset. Confermerò prima la fattibilità.